SoluProt: prediction of soluble protein expression in Escherichia coli

SoluProt: predikce rozpustné exprese proteinů v Escherichia coli

software

Využití výsledku jiným subjektem je v některých případech možné bez nabytí licence

Poskytovatel licence na výsledek nepožaduje licenční poplatek

Hon Jiří, Ing., Ph.D.
Marušiak Martin, Ing.
Martínek Tomáš, doc. Ing., Ph.D. (UPSY)
Kunka Antonín, Mgr., Ph.D.
Zendulka Jaroslav, doc. Ing., CSc. (UIFS)
Bednář David
Damborský Jiří, prof. Mgr., Dr. (UMEL)

protein solubility, machine-learning

Byl vytvořen nový nástroj SoluProt pro predikci rozpustné exprese v organismu
Escherichia coli s použitím metody gradient boosting machine a databáze
TargetTrack jako trénovací sady. Srovnání na nezávislé vyvážené datové sadě
odvozené z databáze NESG ukázalo vyšší přesnost (58,4%) a AUC (0.62) nástroje
SoluProt oproti existujícím nástrojům. Ukázalo se, že SoluProt dokáže významně
zvýšit úspěšnost laboratorních proteinových studií. SoluProt je volně k dispozici
jako samostatně spustitelný software a uživatelsky přívětivý webový server na
adrese https://loschmidt.chemi.muni.cz/soluprot/.

https://loschmidt.chemi.muni.cz/soluprot/

Metody AI pro zabezpečení kybernetického prostoru a řídicí systémy, VUT, Vnitřní projekty VUT, FIT-S-20-6293, zahájení: 2020-03-01, ukončení: 2023-02-28, ukončen

Ústav informačních systémů (UIFS)