- AeroWorks (AeroWorks)
- Automata@FIT (Automata@FIT)
- NES@FIT - Výzkumná skupina počítačové sítě (NES@FIT)
- Security Technology Research and Development (STRaDe)
- Výzkumná skupina Evolvable Hardware (EHW)
- Výzkumná skupina Spolehlivé číslicové systémy (DEPSYS)
- Výzkumná skupina Superpočítačových technologií SC@FIT (SC@FIT)
- Výzkumná skupina akcelerovaných síťových technologií (ANT)
- Výzkumná skupina automatizované analýzy a verifikace - VeriFIT (VERIFIT)
- Výzkumná skupina bezpečnosti informačních technologií (Security@FIT)
- Výzkumná skupina dolování dat z řeči BUT Speech@FIT (SPEECH)
- Výzkumná skupina formálních modelů (FM)
- Výzkumná skupina informačních a databázových systémů (IS)
- Výzkumná skupina inteligentních systémů (INTSYS)
- Výzkumná skupina kognitivního a neurálního inženýrství (CANE)
- Výzkumná skupina managementu v softwarovém inženýrství (MSWI)
- Výzkumná skupina počítačové grafiky (GRAPH)
- Výzkumná skupina robotiky Robo@FIT (ROBO)
- Výzkumná skupina vysoce náročné výpočty (HPC)
- Výzkumná skupina výpočetní fotografie - CPhoto@FIT (CPHOTO)
- Výzkumná skupina znalostních technologií (KNOT)