Detail publikace

A dynamic programming algorithm for identification of triplex-forming sequences

LEXA, M.; MARTÍNEK, T.; BURGETOVÁ, I.; KOPEČEK, D.; BRÁZDOVÁ, M. A dynamic programming algorithm for identification of triplex-forming sequences. BIOINFORMATICS, 2011, vol. 27, no. 18, p. 2510-2517. ISSN: 1367-4803.
Název česky
Algoritmus dynamického programování pro identifikaci sekvencí tvořících triplexy
Typ
článek v časopise
Jazyk
anglicky
Autoři
Lexa Matej, Ing., Ph.D. (DFIT-děkan)
Martínek Tomáš, doc. Ing., Ph.D. (UPSY)
Burgetová Ivana, Ing., Ph.D. (UIFS)
Kopeček Daniel
Brázdová Marie
Klíčová slova

DNA sequence analysis; H-DNA; triplex; triplet; triad; gene regulation; pattern search; pattern recognition

Abstrakt

Současné metody pro identifikaci sekvencí, které potenciálně mohou tvořit triplex v genomech a podobných typech sekvencí jsou primárně založeny na detekci homopurýnových a homopyrimidinových traktech. Pro lepší analýzu sekvencí jsou potřeba také postupy schopné hledat nepřesné, ale strukturálně možné triplexové struktury. V této práci jsme modifikovali algoritmus pro detekci přibližných palindromů tak, aby byl schopen brát v úvahu speciální charakter triplexových struktur v DNA. Z dostupné literatury jsme usoudili, že přibližné triplexové struktury tolerují dva typy chyb. První, analogická k záměnám znaku v duplexové DNA, se týká nukleotidů v DNA, které porušují Hoogsteenovu vazbu. Druhá třída se týká geometricky nekompatibilních sousedních tripletů bránící správnému zarovnání vláken pro vytváření příslušné hydrogenové vazby. Testovali jsme statistické vlastnosti algoritmu stejně jako korektnost generovaných výsledků v porovnání se známými triplexovými sekvencemi. Navrhovaný algoritmus uspokojivě detekuje sekvence potencionálních intramolekulárních triplexů. Jeho složitost odpovídá algoritmu pro detekci palindromu.

Rok
2011
Strany
2510–2517
Časopis
BIOINFORMATICS, roč. 27, č. 18, ISSN 1367-4803
DOI
10.1093/bioinformatics/btr439
UT WoS
000294755400006
EID Scopus
2-s2.0-80052776231
BibTeX 
@article{BUT76462,
  author="Matej {Lexa} and Tomáš {Martínek} and Ivana {Burgetová} and Daniel {Kopeček} and Marie {Brázdová}",
  title="A dynamic programming algorithm for identification of triplex-forming sequences",
  journal="BIOINFORMATICS",
  year="2011",
  volume="27",
  number="18",
  pages="2510--2517",
  doi="10.1093/bioinformatics/btr439",
  issn="1367-4803"
}
Nahoru