Detail publikace

Architecture Model for Approximate Tandem Repeat Detection

MARTÍNEK, T.; LEXA, M. Architecture Model for Approximate Tandem Repeat Detection. 22nd IEEE International Conference on Application-specific Systems, Architectures and Processors. Santa Monica, California: IEEE Computer Society, 2011. p. 239-242. ISBN: 978-1-4577-1290-6.
Název česky
Model architektury pro hledání přibližných tandemových opakování
Typ
článek ve sborníku konference
Jazyk
anglicky
Autoři
Martínek Tomáš, doc. Ing., Ph.D. (UPSY)
Lexa Matej, Ing., Ph.D. (DFIT-děkan)
Klíčová slova

Approximate tandem repeat; Architecture model; Automated mapping; FPGA;

Abstrakt

Algoritmy pro analýzu biologických sekvencí, jako jsou hledání podobnosti dvojice sekvencí nebo algoritmy pro hledání specifických sekundárních struktur DNA reprezentují vhodné problémy pro hardwarovou akceleraci. Implementace těchto algoritmů vede často na architektury založené na více-rozměrných polích výpočetních elementů. Efektivní mapování těchto výpočetních struktur na čipy s technologií FPGA stále zůstává otevřeným problémem. Tento článek je zaměřen na specifickou hardwarovou architekturu pro detekci přibližných tandemových opakování. Mezi hlavní přínosy této práce patří návrh parametrizovatelného modelu architektury ve spojení s technikou, která je schopna automatizovaně nalézt příslušné rozměry obvodu s ohledem na parametry vstupní úlohy a parametry cílové platformy.

Rok
2011
Strany
239–242
Sborník
22nd IEEE International Conference on Application-specific Systems, Architectures and Processors
ISBN
978-1-4577-1290-6
Vydavatel
IEEE Computer Society
Místo
Santa Monica, California
DOI
10.1109/ASAP.2011.6043277
BibTeX 
@inproceedings{BUT76394,
  author="Tomáš {Martínek} and Matej {Lexa}",
  title="Architecture Model for Approximate Tandem Repeat Detection",
  booktitle="22nd IEEE International Conference on Application-specific Systems, Architectures and Processors",
  year="2011",
  pages="239--242",
  publisher="IEEE Computer Society",
  address="Santa Monica, California",
  doi="10.1109/ASAP.2011.6043277",
  isbn="978-1-4577-1290-6",
  url="https://www.fit.vut.cz/research/publication/9671/"
}
Nahoru