Detail publikace

Architecture model for approximate palindrome detection

MARTÍNEK, T.; LEXA, M.; VOŽENÍLEK, J. Architecture model for approximate palindrome detection. In 2009 IEEE Symposium on Design and Diagnostics of Electronic Circuits and Systems. Liberec: IEEE Computer Society, 2009. p. 90-95. ISBN: 978-1-4244-3339-1.
Název česky
Model architektury pro hledání přibližných palindromů
Typ
článek ve sborníku konference
Jazyk
anglicky
Autoři
Martínek Tomáš, doc. Ing., Ph.D. (UPSY)
Lexa Matej, Ing., Ph.D. (DFIT-děkan)
Voženílek Jan, Ing.
Klíčová slova

approximate palindrome detection, architecture model, Virtex5, FPGA

Abstrakt

Porozumnění struktury a funkce DNA sekvencí reprezentuje jednu z nejdůležitějších oblastí moderní biologie. Jednou ze zajimavých struktur vyskytujících se v DNA reprezentují také palindromy. Biologové veří, že palindromy hrají důležitou roli v regulaci aktivity genů a dalších procesů uvnitř buňky, protože jsou obvykle pozorovány blízko promotorů, intronů a specifických nekódujících oblastí. Bohužel, časová složitost algoritmů pro detekci palindromů se zvyšuje vlivem mutací ve formě záměny, vložení nebo odstranění znaku. V minulých letech vzniklo několik prací zaměřených na akceleraci těchto algoritmů s využitím specializovaných hardwarovných obvodů, avšak jejich široké použití je často komplikováno volbou parametrů úlohy nebo cílové platformy ze strany uživatele. Cílem této práce je proto vytvořit model hardwarové architektury pro hledání přibližných palindromů a vyvinout techniku pro automatizovaní mapování tohoto modelu na cílovou platformu bez potřeby zásahu ze strany zkušeného návrháře. Navržený model i technika byla implementována a ohodnocena na rodině čipů s technologií Virtex5.

Rok
2009
Strany
90–95
Sborník
2009 IEEE Symposium on Design and Diagnostics of Electronic Circuits and Systems
ISBN
978-1-4244-3339-1
Vydavatel
IEEE Computer Society
Místo
Liberec
DOI
10.1109/DDECS.2009.5012105
UT WoS
000267364000019
BibTeX 
@inproceedings{BUT33721,
  author="Tomáš {Martínek} and Matej {Lexa} and Jan {Voženílek}",
  title="Architecture model for approximate palindrome detection",
  booktitle="2009 IEEE Symposium on Design and Diagnostics of Electronic Circuits and Systems",
  year="2009",
  pages="90--95",
  publisher="IEEE Computer Society",
  address="Liberec",
  doi="10.1109/DDECS.2009.5012105",
  isbn="978-1-4244-3339-1",
  url="https://www.fit.vut.cz/research/publication/8925/"
}
Nahoru