Detail publikace

Genomic PCR simulation with hardware-accelerated approximate sequence matching

LEXA, M.; MARTÍNEK, T.; BECK, P.; FUČÍK, O.; VALLE, G.; ZARA, I. Genomic PCR simulation with hardware-accelerated approximate sequence matching. In 21st European Conference on Modelling and Simulation. Praha: European Council for Modelling and Simulation, 2007. p. 333-338. ISBN: 978-0-9553018-2-7.
Název česky
Genomická PCR simulace s hardwarovou akcelerací operace hledani podobnosti
Typ
článek ve sborníku konference
Jazyk
anglicky
Autoři
Lexa Matej, Ing., Ph.D. (DFIT-děkan)
Martínek Tomáš, doc. Ing., Ph.D. (UPSY)
Beck Patrik, Bc.
Fučík Otto, doc. Dr. Ing. (UPSY)
Valle Giorgio
Zara Ivano
Klíčová slova

Virtual PCR; FPGA; sequence alignment; mathematical model

Abstrakt

Uvádíme nejnovějsí vylepšení provedená na programu pro simulaci VPCR reakce, který je nyní přístupný na Internetu. Popisujeme vnitřní strukturu dynamickeho simulacniho modelu s ohledem na části s nejvyšší časovou náročností a vlivem na citlivost operace pro porovnávání sekvencí. Záměnou programu BLAST za více ciltivý a rychlejší PRIMEX získáváme značné vylepšení predikce PCR produktů. Další vylepšení rychlosti výpočtu bylo dosaženo s využitím hardwarové akcelerace operace pro porovnávání sekvencí na základě podobnosti.

Rok
2007
Strany
333–338
Sborník
21st European Conference on Modelling and Simulation
ISBN
978-0-9553018-2-7
Vydavatel
European Council for Modelling and Simulation
Místo
Praha
BibTeX 
@inproceedings{BUT26056,
  author="Matej {Lexa} and Tomáš {Martínek} and Patrik {Beck} and Otto {Fučík} and Giorgio {Valle} and Ivano {Zara}",
  title="Genomic PCR simulation with hardware-accelerated approximate sequence matching",
  booktitle="21st European Conference on Modelling and Simulation",
  year="2007",
  pages="333--338",
  publisher="European Council for Modelling and Simulation",
  address="Praha",
  isbn="978-0-9553018-2-7"
}
Nahoru