Detail publikace

Automatic Generation of Circuits for Approximate String Matching

MARTÍNEK, T.; LEXA, M.; BECK, P.; FUČÍK, O. Automatic Generation of Circuits for Approximate String Matching. In 2007 IEEE Design and Diagnostics of Electronic Circuits and Systems. Krakow: IEEE Computer Society, 2007. p. 203-208. ISBN: 1-4244-1161-0.
Název česky
Automatické generování obvodů pro hledání podobnosti v řetězcích
Typ
článek ve sborníku konference
Jazyk
anglicky
Autoři
Martínek Tomáš, doc. Ing., Ph.D. (UPSY)
Lexa Matej, Ing., Ph.D. (DFIT-děkan)
Beck Patrik, Bc.
Fučík Otto, doc. Dr. Ing. (UPSY)
Klíčová slova

automated design, approximate string matching, generic systolic array architecture, FPGA

Abstrakt

Hardwarové akcelerátory pro hlední podobnosti hrají důležitou roli ve zvyšujícím se počtu moderních bioinformatických aplikací. Jsou schopny redukovat časovou složitost úloh z kvadratické na lineární a dosáhnout zrychlení v řadu stovek ve strovnání s adekvátními softwarovými implementacemi. Nasazení těchto akcelerátorů je však omezeno nedostatkem jejich flexibility a modularity, která je požadována ze strany  aplikací. Z těchto důvodů je potřeba vyvinout metodu pro automatický návrh a implementaci těchto akcelerátorů s cílem dosáhnout maximálního výkonu a efektivního využítí dostupných zdrojů. Tento článek navrhuje základní element takovéto metody založené na výpočtu parametrů generické hardwarové architektury. Navhovaná metoda je ohodnocena na několika typických ulohách z oblasti biologie.

Rok
2007
Strany
203–208
Sborník
2007 IEEE Design and Diagnostics of Electronic Circuits and Systems
ISBN
1-4244-1161-0
Vydavatel
IEEE Computer Society
Místo
Krakow
DOI
10.1109/DDECS.2007.4295281
UT WoS
000250200100033
BibTeX 
@inproceedings{BUT26049,
  author="Tomáš {Martínek} and Matej {Lexa} and Patrik {Beck} and Otto {Fučík}",
  title="Automatic Generation of Circuits for Approximate String Matching",
  booktitle="2007 IEEE Design and Diagnostics of Electronic Circuits and Systems",
  year="2007",
  pages="203--208",
  publisher="IEEE Computer Society",
  address="Krakow",
  doi="10.1109/DDECS.2007.4295281",
  isbn="1-4244-1161-0"
}
Nahoru