Detail publikace

BenchStab: A tool for automated querying of web-based stability predictors

VELECKÝ, J.; BEREZNÝ, M.; MUSIL, M.; MAZURENKO, S.; BEDNÁŘ, D.; DAMBORSKÝ, J. BenchStab: A tool for automated querying of web-based stability predictors. BIOINFORMATICS, 2024, vol. 2024, no. 9, p. 1-8. ISSN: 1367-4803.
Název česky
BenchStab: nástroj pro automatické vyhodnocení webových prediktorů stability
Typ
článek v časopise
Jazyk
anglicky
Autoři
Velecký Jan, Ing.
Berezný Matej, Ing.
Musil Miloš, Ing., Ph.D. (UIFS)
Mazurenko Stanislav, Ph.D.
Bednář David (FIT)
Damborský Jiří, prof. Mgr., Dr. (UMEL)
URL
Klíčová slova

predikce stability, stabilita proteinů, webové nástroje, srovnání nástrojů

Abstrakt

Návrh proteinu vyžaduje informace o tom, jak mutace ovlivňují stabilitu proteinu. Pro tento účel existuje množství webových prediktorů, přesto je jejich porovnání nebo hromadné použití obtížné. Zde představujeme BenchStab, konzolový nástroj/balíček pro snadné a rychlé spuštění 19 prediktorů a sběr výsledků na seznamu mutantů. Nástroj je snadno rozšiřitelný o další prediktory. Vytvořili jsme také nezávislý datový soubor odvozený z FireProtDB a vyhodnotili jsme 24 různých predikčních metod.

Rok
2024
Strany
1–8
Časopis
BIOINFORMATICS, roč. 2024, č. 9, ISSN 1367-4803
DOI
10.1093/bioinformatics/btae553
BibTeX 
@article{BUT189729,
  author="Jan {Velecký} and Matej {Berezný} and Miloš {Musil} and Stanislav {Mazurenko} and David {Bednář} and Jiří {Damborský}",
  title="BenchStab: A tool for automated querying of web-based stability predictors",
  journal="BIOINFORMATICS",
  year="2024",
  volume="2024",
  number="9",
  pages="1--8",
  doi="10.1093/bioinformatics/btae553",
  issn="1367-4803",
  url="https://academic.oup.com/bioinformatics/article/40/9/btae553/7755040"
}
Nahoru