Detail publikace

CalFitter 2.0: Leveraging the power of singular value decomposition to analyse protein thermostability

KUNKA, A.; LACKO, D.; ŠTOURAČ, J.; DAMBORSKÝ, J.; PROKOP, Z.; MAZURENKO, S. CalFitter 2.0: Leveraging the power of singular value decomposition to analyse protein thermostability. Nucleic Acids Research, 2022, vol. 50, no. 1, p. 145-151. ISSN: 1362-4962.
Název česky
CalFitter 2.0: Využití schopnosti rozkladu singulárních hodnot k analýze termostability proteinů
Typ
článek v časopise
Jazyk
anglicky
Autoři
Kunka Antonín, Mgr., Ph.D.
Lacko Dávid, Ing.
Štourač Jan (FIT)
Damborský Jiří, prof. Mgr., Dr. (UMEL)
Prokop Zbyněk (FIT)
Mazurenko Stanislav, Ph.D.
URL
Klíčová slova

fluorescence, kalorimetrie, rozlišení, stav

Abstrakt

Důležitost kvantitativního popisu rozbalování a agregace proteinů pro racionální návrh stability nebo pochopení molekulárního základu nemocí nesprávného skládání proteinů je dobře prokázána. Termostabilita proteinu je typicky hodnocena kalorimetrickými nebo spektroskopickými technikami, které monitorují různé komplementární signály během rozvinutí. Webový server CalFitter se již osvědčil jako nedílná součást odvozování neocenitelných energetických parametrů pomocí globální analýzy dat. Zde představujeme CalFitter 2.0, který nově začleňuje rozklad singulárních hodnot (SVD) vícevlnových spektrálních datových sad do globálního potrubí montáže. Zpracované časově nebo teplotně se vyvíjející komponenty SVD lze nyní spojit s dalšími typy experimentálních dat. Navíc dekonvoluovaná základní spektra poskytují spektrální otisky relevantních makrostavů obsazených během rozvinutí, což značně obohacuje informační zisky výstupu CalFitter. Analýza SVD je plně automatizovaná ve vysoce interaktivním modulu, který uživatelům poskytuje přístup k výsledkům bez jakékoli předchozí znalosti základní matematiky. Navíc byl implementován nový průvodce nahráváním dat, který usnadňuje rychlé a snadné nahrávání více sad dat. Společně nově zavedené změny výrazně zlepšují uživatelskou zkušenost a činí tento software jedinečnou, robustní a interaktivní platformou pro analýzu dat tepelné denaturace proteinů.

Rok
2022
Strany
145–151
Časopis
Nucleic Acids Research, roč. 50, č. 1, ISSN 1362-4962
DOI
10.1093/nar/gkac378
UT WoS
000796682400001
EID Scopus
2-s2.0-85134376457
BibTeX 
@article{BUT182263,
  author="Antonín {Kunka} and Dávid {Lacko} and Jan {Štourač} and Jiří {Damborský} and Zbyněk {Prokop} and Stanislav {Mazurenko}",
  title="CalFitter 2.0: Leveraging the power of singular value decomposition to analyse protein thermostability",
  journal="Nucleic Acids Research",
  year="2022",
  volume="50",
  number="1",
  pages="145--151",
  doi="10.1093/nar/gkac378",
  issn="1362-4962",
  url="https://watermark.silverchair.com/gkac378.pdf?token=AQECAHi208BE49Ooan9kkhW_Ercy7Dm3ZL_9Cf3qfKAc485ysgAAAt8wggLbBgkqhkiG9w0BBwagggLMMIICyAIBADCCAsEGCSqGSIb3DQEHATAeBglghkgBZQMEAS4wEQQM6mnogQLGRDLO_t5jAgEQgIICkgBAjLYrvaDf6iP6XH99tWgNvN-saAJIyGEw-eFFniYTYL2"
}
Nahoru