Detail publikace

SoluProtMutDB: A manually curated database of protein solubility changes upon mutations

VELECKÝ, J.; HAMŠÍKOVÁ, M.; ŠTOURAČ, J.; MUSIL, M.; DAMBORSKÝ, J.; BEDNÁŘ, D.; MAZURENKO, S. SoluProtMutDB: A manually curated database of protein solubility changes upon mutations. Computational and Structural Biotechnology Journal, 2022, vol. 20, no. 1, p. 6339-6347. ISSN: 2001-0370.
Název česky
SoluProtMutDB: manuálně spravovaná databáze proteinové solubility při zanesení mutace
Typ
článek v časopise
Jazyk
anglicky
Autoři
Velecký Jan, Ing.
Hamšíková Marie
Štourač Jan (FIT)
Musil Miloš, Ing., Ph.D. (UIFS)
Damborský Jiří, prof. Mgr., Dr. (UMEL)
Bednář David (FIT)
Mazurenko Stanislav, Ph.D.
URL
Klíčová slova

Mutační databáze, proteinové inženýrství, výtěžek proteinů, strojové učení, agregace proteinů

Abstrakt

Rozpustnost proteinu je atraktivním cílem především díky svému vztahu k výtěžkům při produkci a výrobě proteinů. Lepší znalost mutačních účinků na rozpustnost proteinů by navíc mohla spojit několik závažných lidských onemocnění s agregací proteinů. Máme však omezené znalosti o proteinových strukturních determinantech rozpustnosti a dostupné údaje jsou zpravidla těžko dohledatelné. Zde představujeme SoluProtMutDB první databázi obsahující data o změnách rozpustnosti proteinů po mutacích. Naše databáze obsahuje 33 000 měření 17 000 variant proteinů ve 103 různých proteinech. Databáze může sloužit jako základní zdroj informací pro výzkumníky, kteří navrhují vylepšené varianty proteinů, nebo pro ty, kteří vyvíjejí nástroje využívající strojového učení k předpovídání účinků mutací na rozpustnost. Databáze obsahuje všechny dříve publikovaná data o rozpustnosti a tisíce nových datových bodů z nedávných publikací, včetně experimentů se skenováním hlubokých mutací. Navíc obsahuje mnoho dostupných experimentálních podmínek, o kterých je známo, že ovlivňují rozpustnost proteinu. Datové sady byly ručně upraveny s podstatnými opravami, což zlepšilo vhodnost pro aplikace strojového učení. Databáze je dostupná na loschmidt.chemi.muni.cz/soluprotmutdb.

Rok
2022
Strany
6339–6347
Časopis
Computational and Structural Biotechnology Journal, roč. 20, č. 1, ISSN 2001-0370
DOI
10.1016/j.csbj.2022.11.009
EID Scopus
2-s2.0-85142188313
BibTeX 
@article{BUT180690,
  author="Jan {Velecký} and Marie {Hamšíková} and Jan {Štourač} and Miloš {Musil} and Jiří {Damborský} and David {Bednář} and Stanislav {Mazurenko}",
  title="SoluProtMutDB: A manually curated database of protein solubility changes upon mutations",
  journal="Computational and Structural Biotechnology Journal",
  year="2022",
  volume="20",
  number="1",
  pages="6339--6347",
  doi="10.1016/j.csbj.2022.11.009",
  issn="2001-0370",
  url="https://reader.elsevier.com/reader/sd/pii/S2001037022005025?token=47A572AECBA6EE5C334462194E5EFC9034D184A71EC41EC7B29311B976C644C5FCFBB5B1B449E84DD1A99A04BCFA8708&originRegion=eu-west-1&originCreation=20230110080940"
}
Nahoru