Detail publikace

Fully automated virtual screening pipeline of FDA-approved drugs using Caver Web

MUSIL, M.; JEŽÍK, A.; HAMŠÍKOVÁ, M.; ŠTOURAČ, J.; GALGONEK, J.; EYRILMEZ, S.; VONDRÁŠEK, J.; DAMBORSKÝ, J.; BEDNÁŘ, D. Fully automated virtual screening pipeline of FDA-approved drugs using Caver Web. Computational and Structural Biotechnology Journal, 2022, vol. 20, no. 1, p. 6512-6518. ISSN: 2001-0370.
Název česky
Plně automatizovaný virutální screening FDA-schválených léčiv za využití Caver webu
Typ
článek v časopise
Jazyk
anglicky
Autoři
Musil Miloš, Ing., Ph.D. (UIFS)
Ježík Andrej, Bc.
Hamšíková Marie
Štourač Jan (FIT)
Galgonek Jakub
Eyrilmez Saltuk Mustafa
Vondrášek Jiří
Damborský Jiří, prof. Mgr., Dr. (UMEL)
Bednář David (FIT)
URL
Klíčová slova

Caver, CaverDock, FDA-schválená léčiva, kanál, tunel, virtuální screening

Abstrakt

Proteinové tunely jsou nezbytné pro transport malých molekul do aktivních míst enzymů. Geometrické a fyzikálně-chemické vlastnosti tunelů ovlivňují transportní proces. Tunely jsou atraktivními regiony pro proteinové inženýrství a vývoj léků. Studium vazby a uvolnění ligandu pomocí experimentálních technik je však náročné, zatímco in silico metody mají svá omezení, zejména v případě virtuálních screeningových metod náročných na zdroje. Caver Web 1.2 je nová verze webového serveru kombinující detekci proteinových tunelů s výpočtem trajektorií ligandů. Nová verze Caver Web serveru byla rozšířena o možnost získávat nové ligandy z Integrované databáze malých molekul a o plně automatizované virtuální screeningové workflow umožňující rychlé vyhodnocení předdefinované sady více než 4 300 aktuálně schválených léků. Virtuální screening je doplněn komplexním uživatelským rozhraním, což z něj činí snadno dostupnou službu pro širší spektrum společností a akademickou komunitu. Webový server je volně dostupný pro akademické využití na adrese https://loschmidt.chemi.muni.cz/caverweb.

Rok
2022
Strany
6512–6518
Časopis
Computational and Structural Biotechnology Journal, roč. 20, č. 1, ISSN 2001-0370
Vydavatel
Elsevier
Místo
Amsterdam
DOI
10.1016/j.csbj.2022.11.031
UT WoS
000913258100011
EID Scopus
2-s2.0-85142724459
BibTeX 
@article{BUT180689,
  author="Miloš {Musil} and Andrej {Ježík} and Marie {Hamšíková} and Jan {Štourač} and Jakub {Galgonek} and Saltuk Mustafa {Eyrilmez} and Jiří {Vondrášek} and Jiří {Damborský} and David {Bednář}",
  title="Fully automated virtual screening pipeline of FDA-approved drugs using Caver Web",
  journal="Computational and Structural Biotechnology Journal",
  year="2022",
  volume="20",
  number="1",
  pages="6512--6518",
  doi="10.1016/j.csbj.2022.11.031",
  issn="2001-0370",
  url="https://reader.elsevier.com/reader/sd/pii/S2001037022005244?token=BBEEF236BF39C0CD3EA54616CE798E19BDF6535FBFF0E62B230291509E05B03E799D1DB6A7505295EF311EBB0DF71D21&originRegion=eu-west-1&originCreation=20230110080845"
}
Nahoru