Detail publikace

SoluProt: prediction of soluble protein expression in Escherichia coli

HON, J.; MARUŠIAK, M.; MARTÍNEK, T.; KUNKA, A.; ZENDULKA, J.; BEDNÁŘ, D.; DAMBORSKÝ, J. SoluProt: prediction of soluble protein expression in Escherichia coli. BIOINFORMATICS, 2021, vol. 37, no. 1, p. 23-28. ISSN: 1367-4803.
Název česky
SoluProt: predikce rozpustné exprese proteinů v Escherichia coli
Typ
článek v časopise
Jazyk
anglicky
Autoři
Hon Jiří, Ing., Ph.D.
Marušiak Martin, Ing.
Martínek Tomáš, doc. Ing., Ph.D. (UPSY)
Kunka Antonín, Mgr., Ph.D.
Zendulka Jaroslav, doc. Ing., CSc. (UIFS)
Bednář David (FIT)
Damborský Jiří, prof. Mgr., Dr. (UMEL)
Klíčová slova

protein solubility, machine-learning

Abstrakt

Motivace: Špatná rozpustnost proteinů limituje produkci mnoha terapeutických a průmyslově zajímavých proteinů. Snahy o zvýšení rozpustnosti laboratorními metodami trpí nízkou úspěšností a obvykle omezují biologickou aktivitu proteinů. Počítačová predikce rozpustnosti a expresibility proteinů v organismu Escherichia coli by mohla výrazně snížit náklady na laboratorní experimenty, především tím, že by umožnila zaměřit se na lépe rozpustné proteiny. Výsledky: Byl vytvořen nový nástroj SoluProt pro predikci rozpustné exprese v organismu Escherichia coli s použitím metody gradient boosting machine a databáze TargetTrack jako trénovací sady. Srovnání na nezávislé vyvážené datové sadě odvozené z databáze NESG ukázalo vyšší přesnost (58,4%) a AUC (0.62) nástroje SoluProt oproti existujícím nástrojům. Ukázalo se, že SoluProt dokáže významně zvýšit úspěšnost laboratorních proteinových studií. SoluProt je volně k dispozici jako samostatně spustitelný software a uživatelsky přívětivý webový server na adrese https://loschmidt.chemi.muni.cz/soluprot/.

Rok
2021
Strany
23–28
Časopis
BIOINFORMATICS, roč. 37, č. 1, ISSN 1367-4803
DOI
10.1093/bioinformatics/btaa1102
UT WoS
000649437800004
EID Scopus
2-s2.0-85100389869
BibTeX 
@article{BUT168540,
  author="Jiří {Hon} and Martin {Marušiak} and Tomáš {Martínek} and Antonín {Kunka} and Jaroslav {Zendulka} and David {Bednář} and Jiří {Damborský}",
  title="SoluProt: prediction of soluble protein expression in Escherichia coli",
  journal="BIOINFORMATICS",
  year="2021",
  volume="37",
  number="1",
  pages="23--28",
  doi="10.1093/bioinformatics/btaa1102",
  issn="1367-4803",
  url="https://www.fit.vut.cz/research/publication/12368/"
}
Nahoru