Detail publikace

Fully Automated Ancestral Sequence Reconstruction using FireProtASR

KHAN, R.; MUSIL, M.; ŠTOURAČ, J.; DAMBORSKÝ, J.; BEDNÁŘ, D. Fully Automated Ancestral Sequence Reconstruction using FireProtASR. Current Protocols in Bioinformatics, 2021, vol. 1, no. 2, p. 1-5. ISSN: 1934-3396.
Název česky
Plně automatizovaná ancestrální rekonstrukce s využitím FireProtASR
Typ
článek v časopise
Jazyk
anglicky
Autoři
Khan Rayyan
Musil Miloš, Ing., Ph.D. (UIFS)
Štourač Jan (FIT)
Damborský Jiří, prof. Mgr., Dr. (UMEL)
Bednář David (FIT)
a další
URL
Klíčová slova

ancestrální rekonstrukce, stabilní proteiny, proteinové inženýrství, specificita

Abstrakt

Evoluce proteinů a proteinové inženýrství jsou významné v oblasti vědy i v průmyslových aplikacích jako je medicína nebo biotechnologie. Ancestrální rekonstrukce je metoda určená pro průzkum evolučních vztahů and návrh robustních proteinů s dobrou termální stabilitou a širokou substrátovou specificitou. Následující protokol popisuje nastavení a spuštění automatizované metody FireProtASR s využitím k tomu určené webové aplikace. Nástroj umož%nuje provést inferenci anstrálních sekvencí plně automatizovaně s využitím pouze jediné sekvence. Po odeslání sekvence, server sestaví dataset homologních sekvencí, vytvoří vícenásobné zarovnání, postaví fylogenetický strom a zrekonstruuje ancestrální uzly. Protokol je velmi flexibilní a umožňuje několik různých vstupů, pokročilé nastavení a spouštění z i) jedné sekvence, ii) sady homologních sekvencí, iii) vícenásobného zarovnání, a iv) fylogenetického stromu. Metoda automatizuje všechny kroky výpočtu a nabízí tak začátečníkům s limitovanou znalostí ancestrální rekonstrukce vylepšit vlastnosti jejich proteinů. Metoda může být využita k zanesení katalytické promiskuity do vybraného enzymu. Web server je volně dostupný na adrese https://loschmidt.chemi.muni.cz/fireprotasr/

Rok
2021
Strany
1–5
Časopis
Current Protocols in Bioinformatics, roč. 1, č. 2, ISSN 1934-3396
DOI
10.1002/cpz1.30
EID Scopus
2-s2.0-85102178516
BibTeX 
@article{BUT168533,
  author="Rayyan {Khan} and Miloš {Musil} and Jan {Štourač} and Jiří {Damborský} and David {Bednář}",
  title="Fully Automated Ancestral Sequence Reconstruction using FireProtASR",
  journal="Current Protocols in Bioinformatics",
  year="2021",
  volume="1",
  number="2",
  pages="1--5",
  doi="10.1002/cpz1.30",
  issn="1934-3396",
  url="https://currentprotocols.onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1002/cpz1.30"
}
Nahoru