Detail publikace

digIS: Towards detecting distant and putative novel insertion sequences in prokaryotic genomes

PUTEROVÁ, J.; MARTÍNEK, T. digIS: Towards detecting distant and putative novel insertion sequences in prokaryotic genomes. BMC BIOINFORMATICS, 2021, vol. 22, no. 258, p. 1-20. ISSN: 1471-2105.
Název česky
digIS: Směrem k detekci vzdálených a domnělých nových inzerčních sekvencí v prokaryotických genomech
Typ
článek v časopise
Jazyk
anglicky
Autoři
Puterová Janka, Ing., Ph.D. (FIT)
Martínek Tomáš, doc. Ing., Ph.D. (UPSY)
URL
Klíčová slova

inzertní sekvence, mobilní element, skryté Markovove modely, prokaryotické genomy, anotace genomu

Abstrakt

Inzerční sekvence (prvky IS) představují nejmenší a nejhojnější mobilní prvky v prokaryotických genomech. Bylo prokázáno, že hrají významnou roli v organizaci a vývoji genomu. Pro lepší pochopení jejich funkce v hostitelském genomu je žádoucí mít k dispozici efektivní detekční a anotační nástroj. Tato potřeba se stává ještě důležitější při zvažování rychle rostoucích genomických a metagenomických dat. Stávající nástroje pro detekci a anotaci prvků IS jsou obvykle založeny na porovnání podobnosti sekvencí s databází známých rodin IS. Mají tedy omezenou schopnost objevovat vzdálené a domnělé nové prvky IS. V tomto příspěvku představujeme digIS, softwarový nástroj založený na profilových skrytých Markovových modelech sestavených z katalytických domén transpozáz. Ukazuje velmi dobré výsledky při detekci známých prvků IS při testování na datových sadách s ručně upravenou anotací. Hlavní přínos nástroje digIS spočívá v jeho schopnosti detekovat vzdálené a domnělé nové prvky IS při zachování mírné úrovně falešně pozitivních výsledků. V této kategorii překonává stávající nástroje, zejména při testování na velkých datových sadách archaeálnych a bakteriálních genomů. Poskytujeme digIS, softwarový nástroj využívající nový přístup založený na ručně upravených profilových skrytých Markovových modelech, který je schopen detekovat vzdálené a domnělé nové prvky IS. Ačkoli digIS dokáže najít i známé prvky IS, očekáváme, že jej budou používat především vědci, kteří mají zájem o nalezení nových prvků IS. Nástroj je k dispozici na https://github.com/janka2012/digIS.

Rok
2021
Strany
1–20
Časopis
BMC BIOINFORMATICS, roč. 22, č. 258, ISSN 1471-2105
DOI
10.1186/s12859-021-04177-6
UT WoS
000655054900001
EID Scopus
2-s2.0-85106593338
BibTeX 
@article{BUT168521,
  author="Janka {Puterová} and Tomáš {Martínek}",
  title="digIS: Towards detecting distant and putative novel insertion sequences in prokaryotic genomes",
  journal="BMC BIOINFORMATICS",
  year="2021",
  volume="22",
  number="258",
  pages="1--20",
  doi="10.1186/s12859-021-04177-6",
  issn="1471-2105",
  url="https://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12859-021-04177-6#article-info"
}
Nahoru