Detail publikace

FireProtASR: Web Server for Fully Automated Ancestral Sequence Reconstruction

MUSIL, M.; KHAN, R.; BEIER, A.; ŠTOURAČ, J.; KONEGGER, H.; DAMBORSKÝ, J.; BEDNÁŘ, D. FireProtASR: Web Server for Fully Automated Ancestral Sequence Reconstruction. BRIEFINGS IN BIOINFORMATICS, 2020, vol. 22, no. 4, p. 1-11. ISSN: 1467-5463.
Název česky
FireProt-ASR: web server pro plně automatizovanou ancestrální rekonstrukci
Typ
článek v časopise
Jazyk
anglicky
Autoři
Musil Miloš, Ing., Ph.D. (UIFS)
Khan Rayyan
Beier Andy, Dr.
Štourač Jan (FIT)
Konegger Hannes
Damborský Jiří, prof. Mgr., Dr. (UMEL)
Bednář David (FIT)
URL
Klíčová slova

ancestrální rekonstrukce sekvencí, ancestrální enzymy, evoluce, fylogenetická analýza, stabilita proteinů

Abstrakt

V posledních letech vyvstal velký zájem o stabilizaci proteinů pro jejich využití v biotechnologiích a medicíně. Bohužel, proteiny vyskytující se v přírodě se vyvinuly tak, aby fungovaly v mírných podmínkách. Ancestrální rekonstrukce je dobře ustanovená metoda, která umožňuje dedukovat evoluční historii genů. Kromě jejího využití k objevu nejvíce pravděpodobných společných předků může být použita i ke stabilizaci proteinů. V posledních letech bylo vyvinuto množství nástrojů, které zpřístupňují ancestrální rekonstrukci širší komunitě. Nicméně tyto nástroje ponechávají ty nejvíce kritické body výpočtu v rukou uživatelů. FireProtASR se snaží překonat tuto překážku zavedení plně automatizovaného nástroje, který umožňuje i nezkušeným uživatelům využít přístupu ancestrální rekonstrukce. Nástroj je doplněný o interaktivní uživatelské rozhraní a je zdarma dostupný na adrese https://loschmidt.chemi.muni.cz/fireprotasr/.

Rok
2020
Strany
1–11
Časopis
BRIEFINGS IN BIOINFORMATICS, roč. 22, č. 4, ISSN 1467-5463
DOI
10.1093/bib/bbaa337
UT WoS
000709466800097
EID Scopus
2-s2.0-85100417173
BibTeX 
@article{BUT168160,
  author="Miloš {Musil} and Rayyan {Khan} and Andy {Beier} and Jan {Štourač} and Hannes {Konegger} and Jiří {Damborský} and David {Bednář}",
  title="FireProtASR: Web Server for Fully Automated Ancestral Sequence Reconstruction",
  journal="BRIEFINGS IN BIOINFORMATICS",
  year="2020",
  volume="22",
  number="4",
  pages="1--11",
  doi="10.1093/bib/bbaa337",
  issn="1467-5463",
  url="https://academic.oup.com/bib/advance-article/doi/10.1093/bib/bbaa337/6042664"
}
Nahoru