Detail publikace

Fundamentally different repetitive element composition of sex chromosomes in Rumex acetosa

JESIONEK, W.; BODLÁKOVÁ, M.; KUBÁT, Z.; ČEGAN, R.; VYSKOT, B.; VRÁNA, J.; ŠAFÁŘ, J.; PUTEROVÁ, J.; HOBZA, R. Fundamentally different repetitive element composition of sex chromosomes in Rumex acetosa. Annals of Botany, 2021, vol. 127, no. 1, p. 33-47. ISSN: 1095-8290.
Název česky
Zásadně odlišné složení repetitivních sekvencí pohlavních chromozomů v Rumex acetosa
Typ
článek v časopise
Jazyk
anglicky
Autoři
Jesionek Wojciech (FIT)
BODLÁKOVÁ, M.
Kubát Zdeněk (FIT)
ČEGAN, R.
Vyskot Boris, prof. RNDr., DrSc.
VRÁNA, J.
ŠAFÁŘ, J.
Puterová Janka, Ing., Ph.D. (FIT)
Hobza Roman (FIT)
URL
Klíčová slova

pohlavní chromozomy, dynamika genomu, transpozibilní elementy, satelity

Abstrakt

V rostlinné říši jsou vzácné druhy s dobře zavedenými pohlavními chromozomy. Většina pohlavních chromozomů se zvětšila, ale nebyla předložena žádná komplexní analýza druhu sekvencí, které řídí tuto expanzi. Zde jsme analyzovali strukturu pohlavních chromosomů ve šťovíku (Rumex acetosa), dvoudomé rostlině s pohlavním určením XY1Y2, a poskytujeme první chromosomově specifickou analýzu opakujících se sekvencí pro rostliný druh, který má pohlavní chromozomy. Prováděli jsme průtokové třídění a samostatné sekvenování pohlavních chromozomů  a autosomů  v R. acetosa pomocí dvourozměrné metody Fluorescence In Situ Hybridization in Suspension (FISHIS) a sekvenování Illumina. Identifikovali jsme a kvantifikovali jednotlivé repetice pomocí programu RepeatExplorer, Tandem Repeat Finder a Tandem Repeats Analysis Program. K analýze chromozomální lokalizace satelitů a transpozonů jsme použili hybridizaci fluorescence in situ (FISH). Identifikovali jsme řadu nových satelitů, které se podobně jako dříve známé satelity významně rozšířily na Y chromozomu, ale ne tolik na X ani na autosomy. Navíc, zvětšení velikosti Y chromozomů je způsobeno non-LTR a LTR retrotranspozony, zatímco pouze ty druhé přispívají k rozšíření X chromozomu. Avšak chromozom X je osazen různými LTR retrotransposonovými liniemi než Y chromozomy. Chromosomy X a Y se významně lišily, pokud jde o opakované složení. Osud chromozomů Y byl utvářen nedostatkem rekombinace vedoucí k expanzi různých satelitů a mikrosatelitů a rychlejší fixaci nově vložených transponovatelných prvků (TE). Kromě toho se chromozomy X a Y, navzdory podobnému celkovému počtu TE, výrazně liší v zastoupení jednotlivých linií TE, což naznačuje, že transpozony se proliferují přednostně buď v otcovské nebo mateřské linii.

Rok
2021
Strany
33–47
Časopis
Annals of Botany, roč. 127, č. 1, ISSN 1095-8290
DOI
10.1093/aob/mcaa160
UT WoS
000646257300005
EID Scopus
2-s2.0-85098824932
BibTeX 
@article{BUT168153,
  author="JESIONEK, W. and BODLÁKOVÁ, M. and KUBÁT, Z. and ČEGAN, R. and VYSKOT, B. and VRÁNA, J. and ŠAFÁŘ, J. and PUTEROVÁ, J. and HOBZA, R.",
  title="Fundamentally different repetitive element composition of sex chromosomes in Rumex acetosa",
  journal="Annals of Botany",
  year="2021",
  volume="127",
  number="1",
  pages="33--47",
  doi="10.1093/aob/mcaa160",
  issn="1095-8290",
  url="https://academic.oup.com/aob/article/127/1/33/5903355"
}
Nahoru