Detail publikace

pqsfinder web: G-quadruplex prediction using optimized pqsfinder algorithm

LABUDOVÁ, D.; HON, J.; LEXA, M. pqsfinder web: G-quadruplex prediction using optimized pqsfinder algorithm. BIOINFORMATICS, 2020, vol. 36, no. 8, p. 2584-2586. ISSN: 1367-4803.
Název česky
pqsfinder web: identifikace G-kvadruplexů pomocí optimalizovaného algoritmu pqsfinder
Typ
článek v časopise
Jazyk
anglicky
Autoři
Labudová Dominika, Bc.
Hon Jiří, Ing., Ph.D.
Lexa Matej, Ing., Ph.D. (DFIT-děkan)
Klíčová slova

web application, G-quadruplex identification, G4, imperfect G4, potential quadruplex-forming sequence, PQS, pattern search

Abstrakt

Motivace: G-kvadruplex je speciální DNA struktura složená z několika rovinných systémů čtyř guaninových bází, navzájem pootočených o 90° a pospojovaných vodíkovými můstky. Tato netypická struktura je považována za důležitou součást genomů živých organismů. Detekce G-kvadruplexů in vivo je v současnosti obtížná, proto existují výpočetní metody pro hledání potenciálních oblastí, které by mohly tvořit G-kvadruplexy (tzv. PQS). Již dříve jsme vyvinuli algoritmus pqsfinder pro identifikaci PQS v genomech a publikovali jej jako balíček v systému Bioconductor. S ohledem na zpětnou vazbu jsme ale hledali způsob, jak pqsfinder dále vylepšit. Výsledky: Identifikovali jsme dvě cesty jak pqsfinder optimalizovat. Za prvé jsme upravili jádro rekurzivního algoritmu tak, aby nebylo nutné identifikovat a ohodnocovat mnoho nekvalitních konformací PQS, které jsou stejně v dalších krocích zahozeny. Za druhé jsme vytvořili webovou aplikaci, která umožňuje spouštění algoritmu pqsfinder široké skupině uživatelů bez nutnosti znát jazyk R a prostředí Bioconductoru.

Rok
2020
Strany
2584–2586
Časopis
BIOINFORMATICS, roč. 36, č. 8, ISSN 1367-4803
DOI
10.1093/bioinformatics/btz928
UT WoS
000537473400037
EID Scopus
2-s2.0-85084028047
BibTeX 
@article{BUT162286,
  author="Dominika {Labudová} and Jiří {Hon} and Matej {Lexa}",
  title="pqsfinder web: G-quadruplex prediction using optimized pqsfinder algorithm",
  journal="BIOINFORMATICS",
  year="2020",
  volume="36",
  number="8",
  pages="2584--2586",
  doi="10.1093/bioinformatics/btz928",
  issn="1367-4803",
  url="https://www.fit.vut.cz/research/publication/12079/"
}
Nahoru