Detail publikace

EnzymeMiner: Web Server for Automated Mining and Annotation of Soluble Enzymes in Genomic Databases

HON, J.; BORKO, S.; MARUŠIAK, M.; MARTÍNEK, T.; BEDNÁŘ, D.; DAMBORSKÝ, J. EnzymeMiner: Web Server for Automated Mining and Annotation of Soluble Enzymes in Genomic Databases. ISMB/ECCB 2019. Basilej: 2019. p. 0-0.
Název česky
EnzymeMiner: web server pro automatické dolování a anotaci rozpustných enzymů z genomických databází
Typ
prezentace, poster
Jazyk
anglicky
Autoři
Hon Jiří, Ing., Ph.D.
Borko Simeon, Ing.
Marušiak Martin, Ing.
Martínek Tomáš, doc. Ing., Ph.D. (UPSY)
Bednář David (FIT)
Damborský Jiří, prof. Mgr., Dr. (UMEL)
Klíčová slova

computational characterization, enzyme mining, enzyme diversity, novel biocatalysts

Abstrakt

Každý měsíc jsou objeveny miliony nových sekvencí, mezi kterými se mohou vyskytovat nové efektivnější enzymy. Tradiční laboratorní techniky pro charakterizaci proteinů jsou bohužel časově náročné, cenově neefektivní a tím málo propustné. Abychom zlevnili, zrychlili a usnadnili charakterizaci nových enzymů, vyvinuli jsme webový server EnzymeMiner, který umí automaticky hledat nové zástupce rodin enzymů, výsledky prioritizovat a usnadnit výběr sekvencí pro experimentální práci. EnzymeMiner pro svůj běh využívá databáze NCBI nr, BioProject a Taxonomy a řadu existujících bioinformatických nástrojů. Pro prioritizaci sekvencí jsem využili vlastní nástroj SoluProt [2], který slouží k predikci rozpustnosti proteinových sekvencí. EnzymeMiner poskytuje interaktivní uživatelsky přívětivé rozhraní, které usnadňuje výběr nových zajímavých enzymů. Jediným požadovaným vstupem je EC číslo enzymu. Díky EnzymeMineru bylo identifikováno množství nových haloalkan dehalogenáz s netypickými vlastnostmi [1] a předpokládá se další využití EnzymeMineru k hledání jiných typů enzymů. [1] Vanacek et al. 2018, Exploration of Enzyme Diversity by Integrating Bioinformatics with Expression Analysis and Biochemical Characterization. ACS Catalysis 8: 2402-2412 [2] Hon et al. 2019, SoluProt: Prediction of Protein Solubility. Bioinformatics (in preparation)

Rok
2019
Strany
1
Kniha
ISMB/ECCB 2019
Místo
Basilej
BibTeX 
@misc{BUT162275,
  author="Jiří {Hon} and Simeon {Borko} and Martin {Marušiak} and Tomáš {Martínek} and David {Bednář} and Jiří {Damborský}",
  title="EnzymeMiner: Web Server for Automated Mining and Annotation of Soluble Enzymes in Genomic Databases",
  booktitle="ISMB/ECCB 2019",
  year="2019",
  pages="1",
  address="Basilej",
  note="presentation, poster"
}
Nahoru