Detail publikace

SoluProt: Prediction of Protein Solubility

HON, J.; MARUŠIAK, M.; MARTÍNEK, T.; ZENDULKA, J.; BEDNÁŘ, D.; DAMBORSKÝ, J. SoluProt: Prediction of Protein Solubility. DAZ & WIKT 2018 Proceedings. Brno: Brno University of Technology, 2018. p. 261-265. ISBN: 978-80-214-5679-2.
Název česky
SoluProt: predikce rozpustnosti proteinů
Typ
článek ve sborníku konference
Jazyk
anglicky
Autoři
Hon Jiří, Ing., Ph.D.
Marušiak Martin, Ing.
Martínek Tomáš, doc. Ing., Ph.D. (UPSY)
Zendulka Jaroslav, doc. Ing., CSc. (UIFS)
Bednář David (FIT)
Damborský Jiří, prof. Mgr., Dr. (UMEL)
Klíčová slova

protein, solubility, prediction, machine-learning

Abstrakt

Nízká rozpustnost je častým důvodem selhání výroby mnoha terapeutických a průmyslově zajímavých proteinů. Experimentální protokoly pro zvýšení rozpustnosti často vykazují nízkou úspěšnost a obvykle vedou ke ztrátě biologické funkce proteinu. Proto každý pokrok v oblasti predikci rozpustnosti proteinů může pomoci významně snížit náklady proteomických studií. V tomto článku představujeme nový softwarový nástroj SoluProt pro predikci rozpustnosti na základě proteinové sekvence. SoluProt vykazuje nevyšší přesnost (58,2 %) a AUC (0,61) ze všech dostupných nástrojů. Přestože je predikční schopnost v absolutním měřítku spíše nízká, SoluProt dokáže do velké míry efektivně prioritizovat proteinové sekvence a tím zvýšit úspěšnost laboratorních experimentů. Lepší predikční schopnost nástroje SoluProt oproti současným přístupům spočívá ve vylepšeném předzpracování silně zašuměné trénovací datové sady a citlivé selekci sekvenčních rysů zahrnutých do predikčního modelu.

Rok
2018
Strany
261–265
Sborník
DAZ & WIKT 2018 Proceedings
ISBN
978-80-214-5679-2
Vydavatel
Brno University of Technology
Místo
Brno
BibTeX 
@inproceedings{BUT155085,
  author="Jiří {Hon} and Martin {Marušiak} and Tomáš {Martínek} and Jaroslav {Zendulka} and David {Bednář} and Jiří {Damborský}",
  title="SoluProt: Prediction of Protein Solubility",
  booktitle="DAZ & WIKT 2018 Proceedings",
  year="2018",
  pages="261--265",
  publisher="Brno University of Technology",
  address="Brno",
  isbn="978-80-214-5679-2",
  url="https://www.fit.vut.cz/research/publication/11808/"
}
Nahoru