Detail publikace

FireProt: web server for automated design of thermostable proteins

MUSIL, M.; ŠTOURAČ, J.; BENDL, J.; BREZOVSKÝ, J.; PROKOP, Z.; ZENDULKA, J.; MARTÍNEK, T.; BEDNÁŘ, D.; DAMBORSKÝ, J. FireProt: web server for automated design of thermostable proteins. Nucleic Acids Research, 2017, vol. 45, no. 1, p. 393-399. ISSN: 1362-4962.
Název česky
FireProt: web server pro automatizovaný návrh termostabilních proteinů
Typ
článek v časopise
Jazyk
anglicky
Autoři
Musil Miloš, Ing., Ph.D. (UIFS)
Štourač Jan (FIT)
Bendl Jaroslav, Ing., Ph.D.
Brezovský Jan (FIT)
Prokop Zbyněk (FIT)
Zendulka Jaroslav, doc. Ing., CSc. (UIFS)
Martínek Tomáš, doc. Ing., Ph.D. (UPSY)
Bednář David (FIT)
Damborský Jiří, prof. Mgr., Dr. (UMEL)
URL
Klíčová slova

mutace, proteinové inženýrství, mutace proteinů, stabilita proteinů, termostabilní proteiny

Abstrakt

Existuje přetrvávající zájem o zlepšování stability proteinů za účelem jejich zvýšené použitelnosti v biomedicínských a biotechnologických aplikacích. Za tímto účelem byla v nedávné době vyvinuta celá řada in silico nástrojů. Bohužel, pouze jednobodové mutace s pouze malým dopadem na stabilitu proteinů mohou být typicky predikovány existujícími nástroji a tato predikce musí být následována náročným procesem proteinové exprese, purifikace a charakterizace. Zde představujeme FireProt, webovou službu pro automatizovaný návrh proteinů, která v rámci svého výpočtu kombinuje strukturní a evoluční informace. FireProt využívá šestnáct nástrojů a tři protein-inženýrské databáze pro konstrukci vysoce spolehlivých stabilních proteinů. Server je doplněn o jednoduché interaktivní rozhraní, které uživateli umožňuje přímo analyzovat  a případně modifikovat navržený termostabilní protein. FireProt je volně dostupný na http://loschmidt.chemi.muni.cz/fireprot.

Rok
2017
Strany
393–399
Časopis
Nucleic Acids Research, roč. 45, č. 1, ISSN 1362-4962
DOI
10.1093/nar/gkx285
UT WoS
000404427000059
EID Scopus
2-s2.0-85023195078
BibTeX 
@article{BUT144434,
  author="Miloš {Musil} and Jan {Štourač} and Jaroslav {Bendl} and Jan {Brezovský} and Zbyněk {Prokop} and Jaroslav {Zendulka} and Tomáš {Martínek} and David {Bednář} and Jiří {Damborský}",
  title="FireProt: web server for automated design of thermostable proteins",
  journal="Nucleic Acids Research",
  year="2017",
  volume="45",
  number="1",
  pages="393--399",
  doi="10.1093/nar/gkx285",
  issn="1362-4962",
  url="https://doi.org/10.1093/nar/gkx285"
}
Nahoru