Detail publikace

p53 Specifically Binds Triplex DNA In Vitro and in Cells

BRÁZDOVÁ, M.; TICHÝ, V.; HELMA, R.; BAŽANTOVÁ, P.; POLÁŠKOVÁ, A.; KREJČÍ, A.; PETR, M.; NAVRÁTILOVÁ, L.; TICHÁ, O.; NEJEDLÝ, K.; BENNINK, M.; SUBRAMANIAM, V.; BÁBKOVÁ, Z.; MARTÍNEK, T.; LEXA, M.; ADÁMIK, M. p53 Specifically Binds Triplex DNA In Vitro and in Cells. PLOS ONE, 2016, vol. 11, no. 12, p. 1-25. ISSN: 1932-6203.
Název česky
p53 se specificky váže na triplexy v DNA in vitro a v buňkách
Typ
článek v časopise
Jazyk
anglicky
Autoři
Brázdová Marie
Tichý Vlastimil (FIT)
Helma Robert (FIT)
Bažantová Pavla (FIT)
Polášková Alena (FIT)
Krejčí Aneta (FIT)
Petr Marek (FIT)
Navrátilová Lucie (FIT)
Tichá Olga (FIT)
Nejedlý Karel (FIT)
Bennink Martin (FIT)
Subramaniam Vinod (FIT)
Bábková Zuzana (FIT)
Martínek Tomáš, doc. Ing., Ph.D. (UPSY)
Lexa Matej, Ing., Ph.D. (DFIT-děkan)
Adámik Matej (FIT)
URL
Klíčová slova

p53; DNA structure; DNA triplex; protein-DNA interaction; transcription target gene; transcription regulation

Abstrakt

DNA tvořící triplexy se účastní řady biologických aktivit, včetně regulace genové exprese a genové nestabilitě vedoucí k rakovině. Protein p53 potlačující rakovinu je ústředním regulátorem buněčného cyklu s ohledem na různé typy poruch. Klíčovým atributem proteinu p53 je schopnost rozeznat specifické sekvenční a strukturní vzory v DNA. Tato práce je zaměřena na schopnost p53 vázat se na strukturně specifické vzory DNA obsahující triplexy in vitro a v buňkách, včetně vlivu na transkripci. Toto je první studie, která se zaměřuje na p53 a jeho varianty s ohledem na schopnost vázat se na obojí intra i inter-molekulární T.A.T triplexy. Ukazujeme, že interakce p53 s intermolekulárními T.A.T triplexy je srovnatelná se schopností rozpoznat CTG non-B DNA struktury. S využitím mutantů jsme  na p53 C-konci identifikoval doménu zodpovědnou za rozpoznání triplexu. Dále, silná schopnost p53 rozpoznávat intramolekulární T.A.T triplexy (H-DNA), stabilizované negativní superhelicitou v DNA plazmidu, byla detekována srovnávacími a  immunoprecipitačními experimenty a vizualizována s AFM. Dále, chromatinová immunoprecipitace odhalila schopnost p53 vázat se na T.A.T triplexy in vivo. Rozšířená transaktivace s p53 na vložení triplexové sekvence do plazmidu s p53 konsensus sekvencí bylo pozorováno na základě vyhodnocení luciferase reporteru. Bioinformatická analýza lidských regulačních oblastí na současný výskyt jak konsensus sekvence, tak i T.A.T motivu, identifikovala množinu kandidátních p53 cílových genů a p53 závislá aktivace několika z nich (ABCG5, ENOX1, INSR, MCC, NFAT5) byla potvrzena skrze RT-qPCR. Naše výsledky ukazují, že T.A.T. triplexy tvoří novou třídu vazebních míst vyhledávaných proteinem p53 v DNA strukturně závislém módu in vitro a v buňkách. Diskutován je i schopnost p53 se strukturně vázat na DNA s ohledem na regulaci transkripce.

Rok
2016
Strany
1–25
Časopis
PLOS ONE, roč. 11, č. 12, ISSN 1932-6203
DOI
10.1371/journal.pone.0167439
UT WoS
000389482700156
EID Scopus
2-s2.0-85000868554
BibTeX 
@article{BUT133510,
  author="Marie {Brázdová} and Vlastimil {Tichý} and Robert {Helma} and Pavla {Bažantová} and Alena {Polášková} and Aneta {Krejčí} and Marek {Petr} and Lucie {Navrátilová} and Olga {Tichá} and Karel {Nejedlý} and Martin {Bennink} and Vinod {Subramaniam} and Zuzana {Bábková} and Tomáš {Martínek} and Matej {Lexa} and Matej {Adámik}",
  title="p53 Specifically Binds Triplex DNA In Vitro and in Cells",
  journal="PLOS ONE",
  year="2016",
  volume="11",
  number="12",
  pages="1--25",
  doi="10.1371/journal.pone.0167439",
  issn="1932-6203",
  url="http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0167439"
}
Nahoru