Detail publikace

HotSpot Wizard 2.0: Automated Design of Site-specific Mutations and Smart Libraries in Protein Engineering

BENDL, J.; ŠTOURAČ, J.; ŠEBESTOVÁ, E.; VÁVRA, O.; MUSIL, M.; BREZOVSKÝ, J.; DAMBORSKÝ, J. HotSpot Wizard 2.0: Automated Design of Site-specific Mutations and Smart Libraries in Protein Engineering. Nucleic Acids Research, 2016, vol. 44, no. 1, p. 479-487. ISSN: 1362-4962.
Název česky
HotSpot Wizard 2.0: Automatický návrh místně-specifických mutací a chytrých knihoven pro proteinové inženýrství
Typ
článek v časopise
Jazyk
anglicky
Autoři
Bendl Jaroslav, Ing., Ph.D.
Štourač Jan (FIT)
Chovancová Eva, Mgr., Ph.D. (FIT)
Vávra Ondřej
Musil Miloš, Ing., Ph.D. (UIFS)
Brezovský Jan (FIT)
Damborský Jiří, prof. Mgr., Dr. (UMEL)
URL
Klíčová slova

proteinové inženýrství, design chytrých knihoven, výpočetní mutageneze, predikce hotspotů, semi-racionální design enzymů

Abstrakt

HotSpot Wizard 2.0 je webový server pro automatickou identifikaci hot spotů a design mutací pro inženýrování enzymatické aktivity, substrátové specificity, enantioselektivity nebo proteinové stability. Vyvinutý server integruje sekvenční, strukturní a evoluční informace získané z tří databází a devatenácti výpočetních nástrojů tak, aby provedl uživatele přes proces výběru hot spotů pomocí čtyřech protein-inženýrských strategií a zároveň optimalizoval velikost knihovny prostřednictvím zúžení setu mutací na vybraných pozicích. Jediným povinným vstupem popsaného výpočtu je proteinová struktura. Výsledky jsou mapovány na proteinovou strukturu v JSMol apletu. Pro každou z implementovaných protein-inženýrských strategií HotSpot Wizard vypíše anotovaná rezidua vhodná k mutagenezi a umožní návrh degenerovaných kodonů. Nadto, HotSpot Wizard poskytuje ucelený a široký set anotací proteinových struktur a asistuje uživatelů s designem mutací v experimentech místně-cílené mutagenezi a řízené evoluce. HotSpot Wizard je volně dostupný na adrese http://loschmidt.chemi.muni.cz/hotspotwizard2.

Rok
2016
Strany
479–487
Časopis
Nucleic Acids Research, roč. 44, č. 1, ISSN 1362-4962
DOI
10.1093/nar/gkp410
UT WoS
000379786800079
EID Scopus
2-s2.0-85018064697
BibTeX 
@article{BUT133492,
  author="Jaroslav {Bendl} and Jan {Štourač} and Eva {Chovancová} and Ondřej {Vávra} and Miloš {Musil} and Jan {Brezovský} and Jiří {Damborský}",
  title="HotSpot Wizard 2.0: Automated Design of Site-specific Mutations and Smart Libraries in Protein Engineering",
  journal="Nucleic Acids Research",
  year="2016",
  volume="44",
  number="1",
  pages="479--487",
  doi="10.1093/nar/gkp410",
  issn="1362-4962",
  url="http://nar.oxfordjournals.org/content/early/2016/05/12/nar.gkw416.full"
}
Nahoru