Detail publikace

FireProt:Energy- and evolution-based computational design of thermostable multiple-point mutants

BEDNÁŘ, D.; BEERENS, K.; ŠEBESTOVÁ, E.; BENDL, J.; KHARE, S.; CHALOUPKOVÁ, R.; PROKOP, Z.; BREZOVSKÝ, J.; BAKER, D.; DAMBORSKÝ, J. FireProt:Energy- and evolution-based computational design of thermostable multiple-point mutants. PLoS Computational Biology, 2015, vol. 11, no. 11, p. 1-20. ISSN: 1553-7358.
Název česky
FireProt: Výpočetní design více-bodového termostabilního proteinu
Typ
článek v časopise
Jazyk
anglicky
Autoři
Bednář David (FIT)
Beerens Koen (FIT)
Chovancová Eva, Mgr., Ph.D. (FIT)
Bendl Jaroslav, Ing., Ph.D.
Khare Sagar (FIT)
Chaloupková Radka (FIT)
Prokop Zbyněk (FIT)
Brezovský Jan (FIT)
Baker David (FIT)
Damborský Jiří, prof. Mgr., Dr. (UMEL)
URL
Klíčová slova

stabilita proteinu termostabilita proteinu zlepšení enzymatických vlastností více-bodoví mutanti

Abstrakt

Zvyšování proteinové stability má význam z hlediska jejich použití jako biokatalyzátorů, léčebných terapií, diagnostiky a nanomateriálů. Řízená evoluce je silná, ale experimentálně náročná metoda. Výpočetní techniky nabízejí atraktivní alternativu. Avšak, díky jejich limitované spolehlivosti predikce a potenciálním antagonistickým efektům substitucí, pouze jednobodoví mutanti jsou obvykle predikováni in silico, experimentálně verifikováni a potom rekombinováni do podoby více-bodového mutanta. V této studii prezentujeme robustní výpočetní strategii pro predikci vysoce stabilních více-bodových mutantů nazývanou FireProt. Ta kombinuje na energiích a na evoluci založené přístupy s následnou chytrou filtrací pomocí dalších nástrojů. Ukazujeme, že termostabilita modelového enzymu haloalkan dehalogenázy může být značně zvýšena (dTm, 24C). Metoda je obecně aplikovatelná pro všechny proteiny se známou terciární strukturou a dostupnou sadou homologních sekvencí a může být použita k vývoji robustních proteinů pro biomedické a biotechnologické aplikace.

Rok
2015
Strany
1–20
Časopis
PLoS Computational Biology, roč. 11, č. 11, ISSN 1553-7358
DOI
10.1371/journal.pcbi.1004556
UT WoS
000365801600026
EID Scopus
2-s2.0-84949257169
BibTeX 
@article{BUT133486,
  author="David {Bednář} and Koen {Beerens} and Eva {Chovancová} and Jaroslav {Bendl} and Sagar {Khare} and Radka {Chaloupková} and Zbyněk {Prokop} and Jan {Brezovský} and David {Baker} and Jiří {Damborský}",
  title="FireProt:Energy- and evolution-based computational design of thermostable multiple-point mutants",
  journal="PLoS Computational Biology",
  year="2015",
  volume="11",
  number="11",
  pages="1--20",
  doi="10.1371/journal.pcbi.1004556",
  issn="1553-7358",
  url="http://www.ploscompbiol.org/article/fetchObject.action?uri=info:doi/10.1371/journal.pcbi.1004556&representation=PDF"
}
Nahoru