Detail publikace

Guanine quadruplexes are formed by specific regions of human transposable elements

LEXA, M.; ŠTEFLOVÁ, P.; MARTÍNEK, T.; VORLÍČKOVÁ, M.; VYSKOT, B.; KEJNOVSKÝ, E. Guanine quadruplexes are formed by specific regions of human transposable elements. BMC GENOMICS, 2014, vol. 15, no. 1032, p. 1-12. ISSN: 1471-2164.
Název česky
Guaninové kvadruplexy jsou formovány specifickými regiony lidských transponovatelných elementů
Typ
článek v časopise
Jazyk
anglicky
Autoři
Lexa Matej, Ing., Ph.D. (DFIT-děkan)
Šteflová Pavlína (FIT)
Martínek Tomáš, doc. Ing., Ph.D. (UPSY)
Vorlíčková Michaela, prof. RNDr., DrSc.
Vyskot Boris, prof. RNDr., DrSc.
Kejnovský Eduard, doc. RNDr., CSc.
URL
Klíčová slova

G4 quadruplex; human transposable elements; circular dichroism; Bioconductor code; bioinformatics

Abstrakt

POZADÍ: Transponovatelné elementy tvoří významnou část eukaryotických genomů. Nedávno, Lexa a spol. (Nucleic Acids Res 42: 968-978, 2014) uvedli, že dlouhé koncové repetice (LTR retrotranspozony) u rostlin často obsahují potenciální sekvence kvadruplexů (PQS) a experimentálně potvrdili jejich schopnost tvořit čtyřvláknovové DNA konformace. VÝSLEDKY: Zde jsme hledali PQS v lidských retroelementech a zjistili, že PQS jsou specificky lokalizovány v 3'-UTR regionech LINE-1 elementů, LTR HERV elementech a jsou silně zastoupeny v určitých regionech SVA elementů. Technikou kruhového dichroismu bylo potvrzeno, že většina PQS přijala monomolekulární nebo bimolekulární guaninovou kvadruplexovou strukturu. Evolučně mladší SVA elementy obsahovaly více PQS než ty starší a jejich náchylnost ke vzniku kvadruplexu byla vyšší. L1 elementy plné délky obsahovaly více PQS než jejich zkrácené varianty; nejvyšší podíl PQS byl nalezen uvnitř aktivních L1 elementů (u rodin PA2 a HS). ZÁVĚRY: Konzervovanost kvadruplexů na určitých pozicích transponovatelných elementů potvrzuje jejich důležitost v rámci jejich životního cyklu. Rostoucí přítomnost kvadruplexů u evolučně mladších rodin LINE-1 a SVA řadí tyto prvky mezi výrazné přispěvatele v rámci současné celo-genomové distribuce kvadruplexů.

Rok
2014
Strany
1–12
Časopis
BMC GENOMICS, roč. 15, č. 1032, ISSN 1471-2164
DOI
10.1186/1471-2164-15-1032
UT WoS
000355992300001
EID Scopus
2-s2.0-84928238522
BibTeX 
@article{BUT119812,
  author="Matej {Lexa} and Pavlína {Šteflová} and Tomáš {Martínek} and Michaela {Vorlíčková} and Boris {Vyskot} and Eduard {Kejnovský}",
  title="Guanine quadruplexes are formed by specific regions of human transposable elements",
  journal="BMC GENOMICS",
  year="2014",
  volume="15",
  number="1032",
  pages="1--12",
  doi="10.1186/1471-2164-15-1032",
  issn="1471-2164",
  url="http://www.biomedcentral.com/1471-2164/15/1032"
}
Nahoru