Detail publikace
In silico search for secondary structures in p53 target genes using R/Bioconductor
R/bioconductor; p53; bioinformatics; DNA sequence analysis
p53 je dobře známý transkripční faktor potlačující rakovinu, který mimo jiné reguluje také další procesy jako je apoptóza nebo oprava DNA. Mutanti p53 jsou často nalézány u rakovin různého druhu. p53 se účastní v mnoha dalších procesů, přičemž v současnosti neznáme plný rozsah jeho funkcí. Je známo, že rozpoznává p53con sekvence skrze svoji specifickou doménu pro vazbu s DNA (DBD). Je také znám tím, že se nespecificky váže na DNA. Bylo ukázáno, že tato vazba využívá superhelikální DNA, přesněji struktury ve formě palindromů, triplexů a kvadruplexů. V naší laboratoři jsme se zabývali možnými souhrami mezi vazbami proteinu p53 a nekanonickými strukturami DNA a regulérními p53con vazebními místy. V rámci pokusu objasnit tyto souhry a objevit vhodné kandidátní geny pro další studium, jsme realizovali počítačovou studii na lidském genomu. Identifikovali jsme všechny výskyty potenciálních palindromů, triplexů, kvadruplexů a p53con vazebních míst v oblasti +/-40000 bp oholo známých genů. Analyzovali jsme statistickou významnost vzorů v těchto datech s využitím prostředí R/Bioconductor. Tento článek popisuje návrh výpočetní linky pro tento typ studie.
@inproceedings{BUT103572,
author="Marie {Brázdová} and Tomáš {Martínek} and Matej {Lexa}",
title="In silico search for secondary structures in p53 target genes using R/Bioconductor",
booktitle="ITAT 2013: Information Technologies - Applications and Theory",
year="2013",
pages="42--46",
publisher="CreativeSpace Independent Publishing Platform",
address="Donovaly",
isbn="978-1-4909-5208-6"
}