Detail publikace

Triplex: an R/Bioconductor package for identification and visualization of potential intramolecular triplex patterns in DNA sequences

HON, J.; MARTÍNEK, T.; RAJDL, K.; LEXA, M. Triplex: an R/Bioconductor package for identification and visualization of potential intramolecular triplex patterns in DNA sequences. BIOINFORMATICS, 2013, vol. 29, no. 15, p. 1900-1901. ISSN: 1367-4803.
Název česky
Triplex: balíček prostředí R/Bioconductor pro identifikaci a vizualizaci potenciálních intramolekulárních triplexů v DNA sekvencích
Typ
článek v časopise
Jazyk
anglicky
Autoři
Hon Jiří, Ing., Ph.D.
Martínek Tomáš, doc. Ing., Ph.D. (UPSY)
Rajdl Kamil, Mgr.
Lexa Matej, Ing., Ph.D. (DFIT-děkan)
Klíčová slova

triplex; H-DNA; R; Bioconductor; gene regulation; pattern search;  visualization

Abstrakt

Motivace: Aktualizace a integrace software triplex do prostředí R/Bioconductor. Výsledky: Propojili jsme dříve implementovaný algoritmus pro hledání triplexů v DNA s jejich vizualizací a vytvořili víceúčelový balíček s názvem triplex pro prostředí R/Bioconductor. Nový balíček zajišťuje funkce, které mohou být použity pro hledání nukleotidových vzorů schopných tvořit intramolekulární triplexy (H-DNA) jak v genomech Bioconductoru, tak i ostatních DNA sekvencích. Nalezené výskyty je možné zobrazit ve formě 2D a 3D diagramů. S využitím tříd Biostrings a GRanges jsou výsledky vyhledávání plně integrovány do existujícího prostředí Bioconductoru, které umožňuje jejich další využití v rámci ostatních vizualizačních a anotačních balíčků jako jsou GenomeGraphs, rtracklayer nebo Gviz.

Rok
2013
Strany
1900–1901
Časopis
BIOINFORMATICS, roč. 29, č. 15, ISSN 1367-4803
DOI
10.1093/bioinformatics/btt299
UT WoS
000322337000012
BibTeX 
@article{BUT103564,
  author="Jiří {Hon} and Tomáš {Martínek} and Kamil {Rajdl} and Matej {Lexa}",
  title="Triplex: an R/Bioconductor package for identification and visualization of potential intramolecular triplex patterns in DNA sequences",
  journal="BIOINFORMATICS",
  year="2013",
  volume="29",
  number="15",
  pages="1900--1901",
  doi="10.1093/bioinformatics/btt299",
  issn="1367-4803"
}
Nahoru