Detail publikace
A dynamic programming algorithm for identification of triplex-forming sequences
Martínek Tomáš, doc. Ing., Ph.D. (UPSY FIT VUT)
Burgetová Ivana, Ing., Ph.D. (UIFS FIT VUT)
Kopeček Daniel (FI MUNI)
Brázdová Marie, Mgr., Ph.D. (IBP)
Současné metody pro identifikaci sekvencí, které potenciálně mohou tvořit triplex v genomech a podobných typech sekvencí jsou primárně založeny na detekci homopurýnových a homopyrimidinových traktech. Pro lepší analýzu sekvencí jsou potřeba také postupy schopné hledat nepřesné, ale strukturálně možné triplexové struktury. V této práci jsme modifikovali algoritmus pro detekci přibližných palindromů tak, aby byl schopen brát v úvahu speciální charakter triplexových struktur v DNA. Z dostupné literatury jsme usoudili, že přibližné triplexové struktury tolerují dva typy chyb. První, analogická k záměnám znaku v duplexové DNA, se týká nukleotidů v DNA, které porušují Hoogsteenovu vazbu. Druhá třída se týká geometricky nekompatibilních sousedních tripletů bránící správnému zarovnání vláken pro vytváření příslušné hydrogenové vazby. Testovali jsme statistické vlastnosti algoritmu stejně jako korektnost generovaných výsledků v porovnání se známými triplexovými sekvencemi. Navrhovaný algoritmus uspokojivě detekuje sekvence potencionálních intramolekulárních triplexů. Jeho složitost odpovídá algoritmu pro detekci palindromu.
@ARTICLE{FITPUB9773, author = "Matej Lexa and Tom\'{a}\v{s} Mart\'{i}nek and Ivana Burgetov\'{a} and Daniel Kope\v{c}ek and Marie Br\'{a}zdov\'{a}", title = "A dynamic programming algorithm for identification of triplex-forming sequences", pages = "2510--2517", journal = "Bioinformatics", volume = 27, number = 18, year = 2011, ISSN = "1367-4803", doi = "10.1093/bioinformatics/btr439", language = "english", url = "https://www.fit.vut.cz/research/publication/9773" }