Detail publikace

Anticipating protein evolution with successor sequence predictor

KHAN Rayyan T., KOHOUT Pavel, MUSIL Miloš, ROSINSKÁ Monika, DAMBORSKÝ Jiří, MAZURENKO Stanislav a BEDNÁŘ David. Anticipating protein evolution with successor sequence predictor. Journal of Cheminformatics, roč. 17, č. 34, 2025, s. 1-12. ISSN 1758-2946. Dostupné z: https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC11927200/
Název česky
Předvídání evoluce proteinů pomocí prediktoru následníků
Typ
článek v časopise
Jazyk
angličtina
Autoři
Khan Rayyan T., M.Sc. (LL)
Kohout Pavel, Ing. (FIT VUT)
Musil Miloš, Ing., Ph.D. (UIFS FIT VUT)
Rosinská Monika, Ing. (FIT VUT)
Damborský Jiří, prof. Mgr., Dr. (PřF MUNI)
Mazurenko Stanislav, Ph.D. (LL)
Bednář David, Mgr. (LL)
URL
Klíčová slova

Proteinový design, Aktivita, Adaptace, Evoluce, Termostabilita, Rozpustnost, Evoluční trajektorie

Abstrakt

Snahu předpovědět a porozumět evoluci proteinů brzdila omezení na teoretické i experimentální frontě. Většina existujících teoretických modelů evoluce je spíše deskriptivní než prediktivní, takže konečné úpravy ponechává v rukou výzkumníků. Existující experimentální techniky, které pomáhají zkoumat evoluční sekvenční prostor proteinů, jako je řízená evoluce, jsou náročné na zdroje a vyžadují specializované dovednosti. Představujeme prediktor následnické sekvence (SSP) jako inovativní řešení. Prediktor následnické sekvence je metoda návrhu proteinu in silico, která napodobuje laboratorní vývoj proteinu rekonstrukcí evoluční historie proteinu a navržením budoucích substitucí aminokyselin na základě trendů pozorovaných v této historii prostřednictvím pečlivě vybraných fyzikálně-chemických deskriptorů. Tento přístup zlepšuje specializované proteiny předpovídáním mutací, které zlepšují požadované vlastnosti, jako je tepelná stabilita, aktivita a rozpustnost. Prediktor následnických sekvencí tak může být použit jako obecný nástroj proteinového inženýrství pro vývoj prakticky použitelných proteinů. Kód prediktoru následníkových sekvencí je k dispozici na https://github.com/loschmidt/successor-sequence-predictor a návrh mutací bude možný i přes snadno použitelný webový server https://loschmidt.chemi.muni.cz/freprotasr/.

Rok
2025
Strany
1-12
Časopis
Journal of Cheminformatics, roč. 17, č. 34, ISSN 1758-2946
Vydavatel
BioMed Central
DOI
10.1186/s13321-025-00971-z
BibTeX 
@ARTICLE{FITPUB13489,
   author = "T. Rayyan Khan and Pavel Kohout and Milo\v{s} Musil and Monika Rosinsk\'{a} and Ji\v{r}\'{i} Damborsk\'{y} and Stanislav Mazurenko and David Bedn\'{a}\v{r}",
   title = "Anticipating protein evolution with successor sequence predictor",
   pages = "1--12",
   journal = "Journal of Cheminformatics",
   volume = 17,
   number = 34,
   year = 2025,
   ISSN = "1758-2946",
   doi = "10.1186/s13321-025-00971-z",
   language = "english",
   url = "https://www.fit.vut.cz/research/publication/13489"
}
Nahoru