Detail publikace

Abstraction-based segmental simulation of reaction networks using adaptive memoization

HELFRICH Martin, ANDRIUSHCHENKO Roman, ČEŠKA Milan, KŘETÍNSKÝ Jan, MARTIČEK Štefan a ŠAFRÁNEK David. Abstraction-based segmental simulation of reaction networks using adaptive memoization. BMC Bioinformatics, roč. 25, č. 1, 2024, s. 1-24. ISSN 1471-2105. Dostupné z: https://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12859-024-05966-5
Název česky
Simulace chemických reakčních sítí pomocí abstracke a segmentace
Typ
článek v časopise
Jazyk
angličtina
Autoři
Helfrich Martin (TUM)
Andriushchenko Roman, Ing. (UITS FIT VUT)
Češka Milan, doc. RNDr., Ph.D. (UITS FIT VUT)
Křetínský Jan (TUM)
Martiček Štefan, Ing. (UITS FIT VUT)
Šafránek David, doc. RNDr., Ph.D. (FI MUNI)
URL
Klíčová slova

reakční síť, stochastická simulace, populační abstrakce

Abstrakt

Tento článek navrhuje novou metodu pro simulaci složitých chemických reakčních sítí. Navržená metoda je založená na populační abstrakci a segmentaci. Experimentální výsledky ukazují, že metoda výrazně urychluje generování trajektorií složitých stochastických systémů.

Rok
2024
Strany
1-24
Časopis
BMC Bioinformatics, roč. 25, č. 1, ISSN 1471-2105
Vydavatel
Springer Science+Business Media B.V.,
DOI
10.1186/s12859-024-05966-5
UT WoS
001351556400001
EID Scopus
2-s2.0-85209476640
BibTeX 
@ARTICLE{FITPUB13314,
   author = "Martin Helfrich and Roman Andriushchenko and Milan \v{C}e\v{s}ka and Jan K\v{r}et\'{i}nsk\'{y} and \v{S}tefan Marti\v{c}ek and David \v{S}afr\'{a}nek",
   title = "Abstraction-based segmental simulation of reaction networks using adaptive memoization",
   pages = "1--24",
   journal = "BMC Bioinformatics",
   volume = 25,
   number = 1,
   year = 2024,
   ISSN = "1471-2105",
   doi = "10.1186/s12859-024-05966-5",
   language = "english",
   url = "https://www.fit.vut.cz/research/publication/13314"
}
Nahoru