Detail publikace

BenchStab: A tool for automated querying of web-based stability predictors

VELECKÝ Jan, BEREZNÝ Matej, MUSIL Miloš, MAZURENKO Stanislav, BEDNÁŘ David a DAMBORSKÝ Jiří. BenchStab: A tool for automated querying of web-based stability predictors. Bioinformatics, roč. 2024, č. 9, s. 1-8. ISSN 1367-4803.
Název česky
BenchStab: nástroj pro automatické vyhodnocení webových prediktorů stability
Typ
článek v časopise
Jazyk
angličtina
Autoři
Velecký Jan, Ing. (FIT VUT)
Berezný Matej, Ing. (FIT VUT)
Musil Miloš, Ing., Ph.D. (UIFS FIT VUT)
Mazurenko Stanislav, Ph.D. (LL)
Bednář David, Mgr. (LL)
Damborský Jiří, prof. Mgr., Dr. (LL)
URL
Klíčová slova

predikce stability, stabilita proteinů, webové nástroje, srovnání nástrojů

Abstrakt

Návrh proteinu vyžaduje informace o tom, jak mutace ovlivňují stabilitu proteinu. Pro tento účel existuje množství webových prediktorů, přesto je jejich porovnání nebo hromadné použití obtížné. Zde představujeme BenchStab, konzolový nástroj/balíček pro snadné a rychlé spuštění 19 prediktorů a sběr výsledků na seznamu mutantů. Nástroj je snadno rozšiřitelný o další prediktory. Vytvořili jsme také nezávislý datový soubor odvozený z FireProtDB a vyhodnotili jsme 24 různých predikčních metod.

Rok
2024
Strany
1-8
Časopis
Bioinformatics, roč. 2024, č. 9, ISSN 1367-4803
Vydavatel
Oxford University Press
DOI
10.1093/bioinformatics/btae553
BibTeX 
@ARTICLE{FITPUB13263,
   author = "Jan Veleck\'{y} and Matej Berezn\'{y} and Milo\v{s} Musil and Stanislav Mazurenko and David Bedn\'{a}\v{r} and Ji\v{r}\'{i} Damborsk\'{y}",
   title = "BenchStab: A tool for automated querying of web-based stability predictors",
   pages = "1--8",
   journal = "Bioinformatics",
   volume = 2024,
   number = 9,
   year = 2024,
   ISSN = "1367-4803",
   doi = "10.1093/bioinformatics/btae553",
   language = "english",
   url = "https://www.fit.vut.cz/research/publication/13263"
}
Nahoru