Detail publikace
FireProt: web server for automated design of thermostable proteins
Štourač Jan (LL)
Bendl Jaroslav, Ing. (UIFS FIT VUT)
Brezovský Jan, Mgr., Ph.D. (LL)
Prokop Zbyněk, doc. RnDr., Ph.D. (LL)
Zendulka Jaroslav, doc. Ing., CSc. (UIFS FIT VUT)
Martínek Tomáš, doc. Ing., Ph.D. (UPSY FIT VUT)
Bednář David, Mgr. (LL)
Damborský Jiří, prof. Mgr., Dr. (LL)
mutace, proteinové inženýrství, mutace proteinů, stabilita proteinů, termostabilní proteiny
Existuje přetrvávající zájem o zlepšování stability proteinů za účelem jejich zvýšené použitelnosti v biomedicínských a biotechnologických aplikacích. Za tímto účelem byla v nedávné době vyvinuta celá řada in silico nástrojů. Bohužel, pouze jednobodové mutace s pouze malým dopadem na stabilitu proteinů mohou být typicky predikovány existujícími nástroji a tato predikce musí být následována náročným procesem proteinové exprese, purifikace a charakterizace. Zde představujeme FireProt, webovou službu pro automatizovaný návrh proteinů, která v rámci svého výpočtu kombinuje strukturní a evoluční informace. FireProt využívá šestnáct nástrojů a tři protein-inženýrské databáze pro konstrukci vysoce spolehlivých stabilních proteinů. Server je doplněn o jednoduché interaktivní rozhraní, které uživateli umožňuje přímo analyzovat a případně modifikovat navržený termostabilní protein. FireProt je volně dostupný na http://loschmidt.chemi.muni.cz/fireprot.
@ARTICLE{FITPUB11436, author = "Milo\v{s} Musil and Jan \v{S}toura\v{c} and Jaroslav Bendl and Jan Brezovsk\'{y} and Zbyn\v{e}k Prokop and Jaroslav Zendulka and Tom\'{a}\v{s} Mart\'{i}nek and David Bedn\'{a}\v{r} and Ji\v{r}\'{i} Damborsk\'{y}", title = "FireProt: web server for automated design of thermostable proteins", pages = "393--399", journal = "Nucleic Acids Research", volume = 45, number = 1, year = 2017, ISSN = "1362-4962", doi = "10.1093/nar/gkx285", language = "english", url = "https://www.fit.vut.cz/research/publication/11436" }