Detail publikace
HotSpot Wizard 2.0: Web Server for Automated Design of Mutations and Smart Libraries
Štourač Jan (LL)
Šebestová Eva, Mgr., Ph.D. (LL)
Vávra Ondřej, Bc. (LL)
Musil Miloš, Ing., Ph.D. (UIFS FIT VUT)
Brezovský Jan, Mgr., Ph.D. (LL)
Damborský Jiří, prof. Mgr., Dr. (LL)
proteinové inženýrství, design chytrých knihoven, výpočetní mutageneze, predikce hotspotů, semi-racionální design enzymů
HotSpot Wizard 2.0 je webový server pro automatickou identifikaci hot spotů a design mutací pro inženýrování enzymatické aktivity, substrátové specificity, enantioselektivity nebo proteinové stability. Vyvinutý server integruje sekvenční, strukturní a evoluční informace získané z tří databází a devatenácti výpočetních nástrojů tak, aby provedl uživatele přes proces výběru hot spotů pomocí čtyřech protein-inženýrských strategií a zároveň optimalizoval velikost knihovny prostřednictvím zúžení setu mutací na vybraných pozicích. Jediným povinným vstupem popsaného výpočtu je proteinová struktura. Výsledky jsou mapovány na proteinovou strukturu v JSMol apletu. Pro každou z implementovaných protein-inženýrských strategií HotSpot Wizard vypíše anotovaná rezidua vhodná k mutagenezi a umožní návrh degenerovaných kodonů. Nadto, HotSpot Wizard poskytuje ucelený a široký set anotací proteinových struktur a asistuje uživatelů s designem mutací v experimentech místně-cílené mutagenezi a řízené evoluce. HotSpot Wizard je volně dostupný na adrese http://loschmidt.chemi.muni.cz/hotspotwizard2.
@ARTICLE{FITPUB11083, author = "Jaroslav Bendl and Jan \v{S}toura\v{c} and Eva \v{S}ebestov\'{a} and Ond\v{r}ej V\'{a}vra and Milo\v{s} Musil and Jan Brezovsk\'{y} and Ji\v{r}\'{i} Damborsk\'{y}", title = "HotSpot Wizard 2.0: Web Server for Automated Design of Mutations and Smart Libraries", pages = "479--487", journal = "Nucleic Acids Research", volume = 44, number = 1, year = 2016, ISSN = "1362-4962", doi = "10.1093/nar/gkp410", language = "english", url = "https://www.fit.vut.cz/research/publication/11083" }