Detail publikace
FireProt:Energy- and evolution-based computational design of thermostable multiple-point mutants
Beerens Koen, Ph.D. (LL)
Šebestová Eva, Mgr., Ph.D. (LL)
Bendl Jaroslav, Ing. (UIFS FIT VUT)
Khare Sagar, Ph.D. (RUTGERS)
Chaloupková Radka, Mgr., Ph.D. (LL)
Prokop Zbyněk, doc. RnDr., Ph.D. (LL)
Brezovský Jan, Mgr., Ph.D. (LL)
Baker David, prof., Ph.D. (UWASH)
Damborský Jiří, prof. Mgr., Dr. (LL)
stabilita proteinu
termostabilita proteinu
zlepšení enzymatických vlastností
více-bodoví mutanti
Zvyšování proteinové stability má význam z hlediska jejich použití jako biokatalyzátorů, léčebných terapií, diagnostiky a nanomateriálů. Řízená evoluce je silná, ale experimentálně náročná metoda. Výpočetní techniky nabízejí atraktivní alternativu. Avšak, díky jejich limitované spolehlivosti predikce a potenciálním antagonistickým efektům substitucí, pouze jednobodoví mutanti jsou obvykle predikováni in silico, experimentálně verifikováni a potom rekombinováni do podoby více-bodového mutanta. V této studii prezentujeme robustní výpočetní strategii pro predikci vysoce stabilních více-bodových mutantů nazývanou FireProt. Ta kombinuje na energiích a na evoluci založené přístupy s následnou chytrou filtrací pomocí dalších nástrojů. Ukazujeme, že termostabilita modelového enzymu haloalkan dehalogenázy může být značně zvýšena (dTm, 24C). Metoda je obecně aplikovatelná pro všechny proteiny se známou terciární strukturou a dostupnou sadou homologních sekvencí a může být použita k vývoji robustních proteinů pro biomedické a biotechnologické aplikace.
@ARTICLE{FITPUB10784, author = "David Bedn\'{a}\v{r} and Koen Beerens and Eva \v{S}ebestov\'{a} and Jaroslav Bendl and Sagar Khare and Radka Chaloupkov\'{a} and Zbyn\v{e}k Prokop and Jan Brezovsk\'{y} and David Baker and Ji\v{r}\'{i} Damborsk\'{y}", title = "FireProt:Energy- and evolution-based computational design of thermostable multiple-point mutants", pages = "1--20", journal = "PLoS Computational Biology", volume = 11, number = 11, year = 2015, ISSN = "1553-7358", doi = "10.1371/journal.pcbi.1004556", language = "english", url = "https://www.fit.vut.cz/research/publication/10784" }