Detail projektu

Biomarker - Vytipování markerů, screening a časná diagnostika nádorových onemocnění pomocí vysoce automatizovaného zpracování multidimenzionálních biomedicínských obrazů

Období řešení: 1. 7. 2006 – 30. 6. 2011

Typ projektu: grant

Kód: 2B06052

Agentura: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR

Program: Zdravý a kvalitní život

Název anglicky
Biomarker - Determination of markers, screening and early diagnostics of cancer diseases using highly automated processing of multidimensional biomedical images
Typ
grant
Klíčová slova

zpracování obrazu, bioinformatika

Abstrakt

Předmětem výzkumu jsou nové postupy zpracování obrazových dat z fluorescenční mikroskopie a microarrays, které v kombinaci s genomickými a proteomickými technikami značení a sledování vybraných součástí buňky pomáhají při vytipování markerů, screeningu a časné diagnostice nádorových onemocnění. U těchto postupů zpracování obrazových dat se zaměřujeme nejen na kvalitu a robustnost, ale také na rychlost a možnost vysokého stupně automatizace. Zkoumány jsou možnosti zvýšení rychlosti bez snížení kvality, mimo jiné pomocí hardwarové akcelerace vybraných metod zpracování obrazu pomocí speciálních počítačových karet. Zrychlení a automatizace analýzy obrazů buněk a jejich součástí jsou nutnými předpoklady pro zvýšení množství zpracovaných buněk či pacientů a tím i počtu studií, statistické významnosti výsledků a pro umožnění zkoumání i řídkých jevů. Projekt je realizován v úzké spolupráci mezi molekulárními biology a informatiky.

Řešitelé
Smrž Pavel, doc. RNDr., Ph.D. (UPGM) – hlavní řešitel
Zemčík Pavel, prof. Dr. Ing., dr. h. c. (UPGM)
Publikace

2012

  • SEEMAN, M.; ZEMČÍK, P. Histogram Smoothing for Bilateral Filter. GraVisMa 2009. Plzeň: University of West Bohemia in Pilsen, 2012. p. 145-148. ISBN: 978-80-86943-90-9. Detail

2011

  • PŘIBYL, B.; ZEMČÍK, P. Simple Single View Scene Calibration. In Advanced Concepts for Intelligent Vision Systems. Lecture Notes in Computer Science. Lecture Notes in Computer Science. Ghent: Springer Verlag, 2011. p. 748-759. ISBN: 978-3-642-23686-0. ISSN: 0302-9743. Detail
  • SEEMAN, M.; ZEMČÍK, P.; JURÁNEK, R.; HEROUT, A. Rychlý bilaterální filtr pro zpracování HDR obrazů. JOURNAL OF VISUAL COMMUNICATION AND IMAGE REPRESENTATION, 2011, roč. 2012, č. 1, s. 0-0. ISSN: 1047-3203. Detail
  • ZEMČÍK, P.; PŘIBYL, B.; HEROUT, A.; SEEMAN, M. Accelerated Image Resampling for Geometry Correction. Journal of Real-Time Image Processing, 2011, vol. 6, no. 3, p. 1-9. ISSN: 1861-8200. Detail
  • ZEMČÍK, P.; PŘIBYL, B.; ŽÁDNÍK, M.; KORČEK, P. Fast and Energy Efficient Image Processing Algorithms using FPGA. Proceedings of the 21th Conference on Field Programmable Logic and Applications Workshop. Chania: Institute of Electrical and Electronics Engineers, 2011. p. 35-36. ISBN: 978-0-7695-4529-5. Detail

2010

  • ŠILHAVÁ, J.; SMRŽ, P. Combination of Logistic Regression and Boosting to Predict Disease Outcome. Applied Statistics 2010 International Conference. Ribno, Bled: 2010. p. 35-35. ISBN: 978-961-92487-4-4. Detail
  • ŠILHAVÁ, J.; SMRŽ, P. Gene Ontology Driven Feature Filtering from Microarray Data. Znalosti 2010. 9th Annual Conference, Jindřichův Hradec. Jindřichův Hradec: 2010. s. 263-266. ISBN: 978-80-245-1636-3. Detail
  • ŠILHAVÁ, J.; SMRŽ, P. Improved Disease Outcome Prediction Based on Microarray and Clinical Data Combination and Pre-validation. Biomedical Engineering Systems and Technologies. Valencia: Springer Verlag, 2010. p. 36-41. ISBN: 978-3-540-92218-6. Detail

2009

  • ŠILHAVÁ, J.; SMRŽ, P. Additional Predictive Value of Microarray Data Compared to Clinical Variables. PRIB 2009, 4th IAPR International Conference on Pattern Recognition in Bioinformatics. Sheffield: University of Sheffield, 2009. p. 1-6. ISBN: 978-0-9563399-0-4. Detail

2008

  • HRADIŠ, M.; HEROUT, A.; ZEMČÍK, P. Local Rank Patterns - Novel Features for Rapid Object Detection. Proceedings of International Conference on Computer Vision and Graphics 2008. Lecture Notes in Computer Science. Lecture Notes in Computer Science. Heidelberg: Springer Verlag, 2008. p. 1-12. ISSN: 0302-9743. Detail
  • SMRŽ, P.; ŠILHAVÁ, J.; KLÉMA, J.; ŽELEZNÝ, F. Gene Expression Data Mining Guided by Genomic Background Knowledge. SOFSEM 2008: Theory and Practice of Computer Science. Nový Smokovec: Springer Verlag, 2008. p. 101-111. ISBN: 978-80-7097-697-5. Detail
Patenty

2010

Nahoru