Detail projektu
PGine: Py/Bioconda software package for calculation of polygenic risk score in plants
Období řešení: 1. 3. 2023 - 31. 12. 2023
Typ projektu: grant
Kód: FEKT/FIT-J-23-8274
Agentura: Vysoké učení technické v Brně
Program: Vnitřní projekty VUT
Skóre polygenního rizika, genetická předpověď, 1001 genomů, centrální molekulární dogma, Arabidopsis thaliana
Nejdůležitější vědecké výzvy souvisí se změnou klimatu. Důležitou roli hrají predikční algoritmy, včetně zlepšování šlechtění rostlin podle nových podmínek prostředí. Proto se tento projekt zaměřuje na výpočet pravděpodobnosti onemocnění člověka na základě genotypové informace skóre polygenního rizika. Hlavním cílem tohoto projektu je adaptovat tyto algoritmy na data závodu ve funkčním softwaru. Pomocí softwaru lze přinést nové poznatky o šlechtění rostlin a odhalit tak možná řešení klimatické krize.
Hurta Martin, Ing. (UPSY FIT VUT)
Sekanina Lukáš, prof. Ing., Ph.D. (UPSY FIT VUT)
2024
- SCHWARZEROVÁ Jana, HURTA Martin, BARTOŇ Vojtěch, LEXA Matej, WALTHER Dirk, PROVAZNÍK Valentine a WECKWERTH Wolfram. A perspective on genetic and polygenic risk scores-advances and limitations and overview of associated tools. Briefings in Bioinformatics, roč. 25, č. 3, 2024, s. 1-11. ISSN 1467-5463. Detail
2023
- HURTA Martin, SCHWARZEROVÁ Jana, PROVAZNÍK Valentine, WECKWERTH Wolfram, WALTHER Dirk a SEKANINA Lukáš. Utilizing Cartesian Genetic Programming for Efficient Polygenic Risk Score Calculation in Plants. Program and Abstract Book: Swedish Bioinformatics Workshop 2023. Stockholm, 2023. Detail
- NAGELE Thomas, WECKWERTH Wolfram, HURTA Martin, SCHWARZEROVÁ Jana, SEKANINA Lukáš a PROVAZNÍK Valentine. Utilizing Genetic Programming to Enhance Polygenic Risk Score Calculation. In: 2023 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM 2023). Istanbul: Institute of Electrical and Electronics Engineers, 2023, s. 3782-3787. ISBN 979-8-3503-3748-8. Detail