EnzymeMiner: automated mining of soluble enzymes with diverse structures, catalytic properties and stabilities

EnzymeMiner: automatické dolování rozpustných enzymů s různorodými strukturami, katalytickými vlastnostmi a stabilitou

software

Využití výsledku jiným subjektem je v některých případech možné bez nabytí licence

Poskytovatel licence na výsledek nepožaduje licenční poplatek

Borko Simeon, Ing.
Hon Jiří, Ing., Ph.D.
Bednář David
Damborský Jiří, prof. Mgr., Dr. (UMEL)
Martínek Tomáš, doc. Ing., Ph.D. (UPSY)
Prokop Zbyněk
Štourač Jan
Zendulka Jaroslav, doc. Ing., CSc. (UIFS)

computational characterization, enzyme mining, enzyme diversity, novel
biocatalysts

EnzymeMiner umožňuje automatické dolování a anotaci různorodých sekvencí enzymů
patřících do konkrétní enzymatické rodiny a který usnadňuje jejich výběr pro
experimentální charakterizaci v laboratoři. EnzymeMiner prioritizuje sekvence,
které s velkou pravděpodobností mají požadovanou enzymatickou aktivitu a které
jsou pravděpodobně vyrobitelné v rozpustné formě pomocí heterologní exprese v
Escherichia coli. K predikci rozpustnosti je využit vlastní nástroj SoluProt
založený na strojovém učení. EnzymeMiner zkracuje čas vynaložený na vyhledávání
enzymů, provedení vícekrokové analýzy, prioritizaci sekvencí a výběr kandidátů ze
dnů na hodiny. Příklad úspěšného použití EnzymeMineru pro analýzu enzymové rodiny
haloalkan dehalogenáz je popsán formou tutoriálu na webových stránkách nástroje.
EnzymeMiner je univerzální software aplikovatelný na libovolnou enzymatickou
rodinu a je přístupný skrze interaktivní uživatelské rozhraní na adrese
https://loschmidt.chemi.muni.cz/enzymeminer/.

https://loschmidt.chemi.muni.cz/enzymeminer/

Metody AI pro zabezpečení kybernetického prostoru a řídicí systémy, VUT, Vnitřní projekty VUT, FIT-S-20-6293, zahájení: 2020-03-01, ukončení: 2023-02-28, ukončen

Ústav informačních systémů (UIFS)