Detail produktu
HotSpot Wizard 2.0
Vznik: 2015
Bendl Jaroslav, Ing., Ph.D.
Chovancová Eva, Mgr., Ph.D. (FIT)
Musil Miloš, Ing., Ph.D. (UIFS)
Brezovský Jan (FIT)
Damborský Jiří, prof. Mgr., Dr. (UMEL)
proteinové inženýrství, design chytrých knihoven, výpočetní mutageneze, predikce hotspotů
HotSpot Wizard je webový server pro automatickou identifikaci hotspotů (potenciálně užitečných míst k mutagenezi) pro inženýrování substrátové specificity, aktivity nebo enantioselektivity enzymů a slouží také pro anotaci proteinových struktur. Nástroj integruje 3 bioinformatické databáze a 18 výpočetních method. Mezi nimi jsou i námi vyvinuté nástroje Caver 3 pro hledání proteinových tunelů a RAPHYD pro ohodnocování školivosti bodových mutací. Na výstupu analýzy mohou uživatelé filtrovat hotspoty podle čtyř protein-inženýrských strategií: (i) funkční hotspoty reprezentující vysoce mutovatelná rezidua umístěná v kapse aktivního místa nebo vstupním tunelu, (ii) stabilitní hostpoty reprezentující flexibilní rezidua, (iii) stabilitní hotspoty identifikované přístupem back-to-consensus a (iv) korelované hotspoty reprezentované páry korelujících reziduí modulujících enzymovou aktivitu nebo selektivitu.
Nástroj je dostupný na internetové adrese:http://loschmidt.chemi.muni.cz/hotspotwizard2
Pro informace o licenčních podmínkách prosím kontaktujte: Mgr. Michaela Kavková, Výzkumné centrum informačních technologií, Fakulta informačních technologií VUT v Brně, Božetěchova 2, 612 66 Brno, 541 141 470.