Detail produktu
R/Bioconductor package for identification of triplex-forming sequences
Vznik: 2013
Název česky
R/Bioconductor balíček pro identifikaci sekvencí tvořících triplex
Typ
software
Licence
Využití výsledku jiným subjektem je v některých případech možné bez nabytí licence
Licenční poplatek
Poskytovatel licence na výsledek nepožaduje licenční poplatek
Autoři
Hon Jiří, Ing., Ph.D.
Lexa Matej, Ing., Ph.D. (UPSY)
Martínek Tomáš, doc. Ing., Ph.D. (UPSY)
Rajdl Kamil, Mgr.
Lexa Matej, Ing., Ph.D. (UPSY)
Martínek Tomáš, doc. Ing., Ph.D. (UPSY)
Rajdl Kamil, Mgr.
Klíčová slova
H-DNA; R/Bioconductor; pattern matching; dynamic programming; triplex; searching; annotation
Popis
Tento balíček poskytuje funkce pro identifikaci a vizualizaci potencionálních intramolekulární triplexů v DNA sekvencích. Hlavní funkcí tohoto balíčku je vyhledávání pozic podřetězců schopných schopných se sbalit do intramolekulárních triplexů (H-DNA) v rozsáhlých sekvencích. Potencionální H-DNA (triplexy) jsou tvořeny z co nejvíce kanonických nukleotidových tripletů. Balíček zahrnuje i vizualizaci nalezených výsledků ve 1D, 2D nebo 3D formě.
Umístění
Licenční podmínky
Volně šiřitelný software poskytovaný pod licencí BSD (přesné znění licence je dostupné na stránce http://www.opensource.org/licenses/bsd-license.php).
Projekty
Centrum excelence IT4Innovations, MŠMT, Operační program Výzkum a vývoj pro inovace, ED1.1.00/02.0070, zahájení: 2011-01-01, ukončení: 2015-12-31, ukončen
Výzkum informačních technologií z hlediska bezpečnosti, MŠMT, Institucionální prostředky SR ČR (např. VZ, VC), MSM0021630528, zahájení: 2007-01-01, ukončení: 2013-12-31, řešení
Výzkum informačních technologií z hlediska bezpečnosti, MŠMT, Institucionální prostředky SR ČR (např. VZ, VC), MSM0021630528, zahájení: 2007-01-01, ukončení: 2013-12-31, řešení
Pracoviště