Na letošní přehlídce nejlepších bakalářských prací 8 z VUT nás reprezentovala Lucie Klímová

Ve středu 3. prosince 2025 se na Rektorátu VUT konal další ročník prezentací nejlepších bakalářských prací studentů brněnské techniky 8 z VUT. A také letos měla naše fakulta na slavnostním večeru svou zástupkyni. Lucie Klímová zaujala prací z náročného oboru bioinformatiky. 

Lucie prezentovala svou bakalářskou práci „Automatové techniky v analýze DNA“, jejímž vedoucím je doc. Lukáš Holík. Autorka má podle svých slov ráda odborné výzvy a tato práce uvedené kritérium rozhodně splňuje. Základem bakalářky je aplikace konečných automatů na postupy vyhledávání LTR retrotranspozonů, tedy repetetivních sekvencí DNA v genomu. Jejich detekce může pomoct výzkumu konkrétních sekvencí DNA a je užívaným postupem současné genetiky. „Vycházeli jsme z nástroje TE-greedy-nester, užívaného pro vyhledávání transpozonů, a já v něm identifikovala podalgoritmus, který při spuštění programu zabíral největší časový rozsah, zhruba 80 % procesu. A rozhodli jsme se vymyslet jej jinak – s cílem výrazné úspory času,“ definuje Lucie co nejobecněji záměr svého výzkumu. Principem, na němž projekt vystavěla, byla myšlenka, že sekvence genomu by měla být obecně reprezentovatelná konečným automatem. Mezi výzkumné úspěchy si může autorka připsat to, že výsledný konečný automat umožňuje vyhledávat strukturní domény transpozonů až desetkrát rychleji oproti běžně užívanému nástroji BlastX. Sama autorka však dodává, že téma nabízí ještě řadu výzev. 

Děkujeme Lucii za skvělou reprezentaci naší fakulty. Pokud se o její výzkumné práci chcete dozvědět více, odkazujeme na naši zprávu.